Особенности аминокислотного состава белка THIO

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~gosha-x/term1/Excel.html
Дата изменения: Mon Dec 21 13:12:10 2009
Дата индексирования: Mon Oct 1 20:51:59 2012
Кодировка: Windows-1251

Особенности аминокислотного состава белка THIO_BACSU

1.Последовательность белка THIO_Bacsu в формате FASTA

>sp /14949/THIO_BACSU thioredoxin
MAIVKATDQSFSAETSEGVVLADFWAPWCGPCKMIAPVLEELDQEMGDKLKIVKIDVDENQETAGKYGVMSIPTLLVLKDGEVVETSVGFKPKEALQELVNKHL

2. Длина последовательности- 104 а.о.

3. Молекулярная масса белка THIO_Bacsu-11372 а.е.м.

См. книгу THIO_Bacsu.xls,лист MW
Формула: (Сумма по таблице всех масс а.о.)-(атомная масса воды)*(кол-во а.о.-1)

4. Аминокислотный состав белка THIO_BACSU

Аминокислота	Частота	Самые частые аминокислоты-V(12%),E(11%) Самые редкие аминокислоты-R(отсутствует),Y(1%) Вычисления проведены с помощью функции СЧЕТЕСЛИ, См. книгу THIO_Bacsu.xls,лист aa_frequencies
A	8%
C	2%
D	7%
E	11%
F	3%
G	7%
H	1%
I	5%
K	10%
L	10%
M	4%
N	2%
P	5%
Q	4%
R	0%
S	5%
T	5%
V	12%
W	2%
Y	1%

5. Средний электрический заряд молекулы

Заряд равен -7.5е
Вводим данные о заряде аминокислот с помощью функции ЕСЛИ. Заряд аргинина и лизина имеют средний заряд, равный +1е, гистидина - +0.5е, а остальные 0е
Функция задается так...=ЕСЛИ(B2="K";1;ЕСЛИ(B2="R";1;ЕСЛИ(B2="E";-1;ЕСЛИ(B2="D";-1;ЕСЛИ(B2="H";0,5;0)))))
Заряд считается 2 способами по таблице :
1) Сумма всех чисел (СУММА(C2:C105))
2) Через функцию СЧЕТЕСЛИ. Найти сколько аминокислот имеют заряд 1;-1;0,5. Каждое число домножить на сооответствующий заряд и сложить
(СЧЕТЕСЛИ(C2:C105;1)-СЧЕТЕСЛИ(C2:C105;-1)+0,5*СЧЕТЕСЛИ(C2:C105;0,5))
См. книгу THIO_Bacsu.xls, лист Charges

6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis, а
также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии

1-гидрофобные, 2-гидрофильные, 3-можно отнести к обоим классам
Вывод: Белок THIO_Bacsu скорее всего немембранный, потому что диаграмма мембранного белка отличается от диаграммы заданого белка.
См. книгу THIO_Bacsu.xls , лист HPhob_comparison

7.1. Исcледование на гидрофобность белка

Исследование проводится на фрагментах, состоящих из 20 а.о. Самый гидрофобный фрагмент- 19 фрагмент (с 19 по 38 а.о.). Значение 21.6
Самый гидрофильный фрагмент- 43 фрагмент (с 42 по 62 а.о.). Значение -21
Считается гидрофобность объекта при помощи функции СУММА с относительным адресом ячеек
См. книгу THIO_Bacsu.xls, лист Hpob_profile

7.2. Расспределение длин белков В. subtilis

Белок является одним из самых коротких. Таких же белков примерно еще 565, которые имееют длину от 1 до 100 амк. (см. график)
Чтобы точно посчитать, я воспользовался функцией ЕСЛИ. Пусть числу присуждается 1,если длина белка меньше 104 амк, и 0,если
длина больше 104 (ЕСЛИ(B2<104;1;0)). Потом я просумировал столбец с 1 и 0. Получил 590. 590 белков имееют длину меньшую 104 амк.
См. книгу THIO_Bacsu.xls , лист prot_length

Вернуться на страничку 1 семестра