Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~element/Term2/protocol3.doc Дата изменения: Thu Mar 15 18:38:34 2007 Дата индексирования: Mon Oct 1 21:24:18 2012 Кодировка: koi8-r

Протокол занятия по биоинформатике ?3 за 02.03.07.
Выполнила Пономарева Ольга







Таблица 1. Группы банков данных

|Банк данных |Группа |
|MedLine |Literature, Bibliography and Reference Databases |
|UniProtKB |UniProt Universal Protein Resource |
|UniRef100 |UniProt Universal Protein Resource |
|EMBL |Nucleotide sequence databases |
|PDB |Protein function, structure and interaction |
| |databases |
| |Protein structure databases |


Таблица 2. Таксон "гамма-протеобактерии"

|Латинское название таксона |gammaproteobacteria |
|Количество документов в |43434 |
|Swiss-Prot | |



Таблица 3. Запросы

|Цель |Строка запроса |Количество |
| | |найденных |
| | |документов |
|Поиск белка |[swissprot-AccNumber:P0A786*] |1 |
|PyrB_ECOLI по | | |
|коду доступа | | |
|(Accession | | |
|number) | | |
|Документы |((((([swissprot-Description:Aspartate*] &|9 |
|описывающие белки|[swissprot-Description:carbamoyltransfera| |
|таксона |se*]) & | |
|«гамма-протеобакт|[swissprot-Description:catalytic*]) & | |
|ерии» которые в |[swissprot-Description:chain*]) | | |
|поле DE содержат |[swissprot-Description:Aspartate | |
|нечто похожее на |carbamoyltransferase catal ytic chain*]) | |
|описание белка |& | |
|PyrB_Ecoli |[swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*]| |
| |) | |


Здесь можно найти последовательность в формате Fasta белка
PyrB_ECOLI:pOa786.fasta


Таблица 4. Описание выборки

|? |ID |AC |Организм |Таксон |
|1 |PYRB_BUCAI |P57450 |BUCHNERA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |APHIDICOLA SUBSP |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | |ACYRTHOSIPHON |ENTEROBACTERIALES |
| | | |PISUM |ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA |
| | | |ACYRTHOSIPHON | |
| | | |PISUM SYMBIOTIC | |
| | | |BACTERIUM | |
|2 |PYRB_ECO57 |P0A788 |ESCHERICHIA COLI |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | |P00479 |O157:H7 |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | |Q47555 | |ENTEROBACTERIALES |
| | |Q47557 | |ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA|
|3 |PYRB_ECOL6 |P0A787 |ESCHERICHIA COLI |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | |P00479 |O6 |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | |Q47555 | |ENTEROBACTERIALES |
| | |Q47557 | |ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA|
|4 |PYRB_ECOLI |P0A786 |ESCHERICHIA COLI |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | |P00479 | |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | |Q2M662 | |ENTEROBACTERIALES |
| | |Q47555 | |ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA|
| | |Q47557 | | |
|5 |PYRB_SALTI |P0A1Z5 |SALMONELLA TYPHI |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | |P08420 | |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA |
|6 |PYRB_SALTY |P0A1Z4 |SALMONELLA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | |P08420 |TYPHIMURIUM |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA |
|7 |PYRB_SERMA |P19910 |SERRATIA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |MARCESCENS |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE SERRATIA |
|8 |PYRB_SHIFL |P0A789 |SHIGELLA FLEXNERI|BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | |P00479 | |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | |Q47555 | |ENTEROBACTERIALES |
| | |Q47557 | |ENTEROBACTERIACEAE SHIGELLA |
|9 |PYRB_VIBS2 |P96174 |VIBRIO SP STRAIN |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |2693 |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |VIBRIONALES VIBRIONACEAE |
| | | | |VIBRIO |