Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~element/Term4/Block1/protein.txt Дата изменения: Wed Mar 12 15:40:23 2008 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:46:51 2012 Кодировка:

########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed 12 Mar 2008 16:45:30
# Commandline: needle
# -asequence cholera.fasta
# -bsequence pyrb_ecoli.fasta
# -outfile protein.txt
# Align_format: srspair
# Report_file: protein.txt
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: PYRB_VIBCH
# 2: PYRB_ECOLI
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 311
# Identity: 220/311 (70.7%)
# Similarity: 264/311 (84.9%)
# Gaps: 2/311 ( 0.6%)
# Score: 1168.0
#
#
#=======================================

PYRB_VIBCH 1 MANSLYQKHIISIAELSRAELELIVKTAGQLKAQPNPELIKHKVVASCFF 50
|||.|||||||||.:|||.:|.|::.||.:|||.|.|||:||||:|||||
PYRB_ECOLI 1 MANPLYQKHIISINDLSRDDLNLVLATAAKLKANPQPELLKHKVIASCFF 50

PYRB_VIBCH 51 EPSTRTRLSFETAIQRIGGSVIGFDNGGNTSLAKKGETLADSVRVISSYV 100
|.||||||||||::.|:|.||:||.:..||||.||||||||::.|||:||
PYRB_ECOLI 51 EASTRTRLSFETSMHRLGASVVGFSDSANTSLGKKGETLADTISVISTYV 100

PYRB_VIBCH 101 DAFVMRHPQEGAARLASEFSNGVPVINAGDGSNQHPSQTLLDLYSIFETQ 150
||.|||||||||||||:|||..|||:||||||||||:||||||::|.|||
PYRB_ECOLI 101 DAIVMRHPQEGAARLATEFSGNVPVLNAGDGSNQHPTQTLLDLFTIQETQ 150

PYRB_VIBCH 151 GRLDNLDVAFVGDLKYGRTVHSLAQALAKFDNNRFYFVAPEALAMPDYIC 200
||||||.||.|||||||||||||.|||||||.|||||:||:|||||.||.
PYRB_ECOLI 151 GRLDNLHVAMVGDLKYGRTVHSLTQALAKFDGNRFYFIAPDALAMPQYIL 200

PYRB_VIBCH 201 EELDEAGVKYQVFSDMESVIPELDILYMTRVQKERFDESEYAHIKSAYIL 250
:.|||.|:.:.:.|.:|.|:.|:||||||||||||.|.||||::|:.::|
PYRB_ECOLI 201 DMLDEKGIAWSLHSSIEEVMAEVDILYMTRVQKERLDPSEYANVKAQFVL 250

PYRB_VIBCH 251 TAAHLSDARSNLKVLHPLPRVDEITTDVDKTPHAYYFEQVENGVYAREAL 300
.|:.|.:|::|:||||||||||||.|||||||||:||:|..||::||:||
PYRB_ECOLI 251 RASDLHNAKANMKVLHPLPRVDEIATDVDKTPHAWYFQQAGNGIFARQAL 300

PYRB_VIBCH 301 LALVLNESL-- 309
||||||..|
PYRB_ECOLI 301 LALVLNRDLVL 311


#---------------------------------------
#---------------------------------------