Gene Ontology

Описание функции белка GLVA_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
Где? Сведения отсутствуют
Зачем, для чего? biological process (биологический процесс) 3

Метаболический процесс (metabolic process) - химические реакции и пути, в том числе анаболизма и катаболизма, в котором живые организмы преобразуют химические вещества. Обменные процессы обычно преобразуют небольшие молекулы, но также включают высокомолекулярные процессы, таких как репарация ДНК, репликация,синтез и деградация белка. Не включают отдельные функции или процессы, такие как белок-белковые взаимодействия, взаимодействие белков с нуклеиновыми кислотами и взаимодействие рецептор-лиганд.
Углеводный метаболический процесс (carbohydrate metabolic process) - химические реакции или пути с участием углеводов, любой группы химических соединений, основанных на формуле C_x(H2O)_y. Включает образование производных углеводов путем добавления углеводного остатка к другой молекуле.
Окислительно-восстановительный процесс (oxidation-reduction process) - метаболический процесс, который приводит к удалению или добавлению одного или нескольких электронов с или без сопутствующего удаления либо добавления протона/протонов.

Молекулярный механизм? molecular function (молекулярная функция) 8

Каталитическая активность (catalytic activity) - катализирование биохимических реакций при физиологических температурах. В биологически катализируемой реакции, реагенты (субстрат и катализатор) - естественные высокомолекулярные вещества, известных как ферменты. Ферменты обладают специфическими сайтами связывания субстратов, и, как правило, состоят полностью или в основном из белка, хотя РНК, которая имеет каталитическую активность (рибозим) также часто рассматривается как фермент.
Связывание с нуклеотидами (nucleotide binding) - избирательное нековалентное взаимодействие с нуклеотидами, любое соединение, состоящее из нуклеозидов, которые этерифицированны ортофосфатом или олигофосфатом по любой гидроксильной группе на рибозе или дезоксирибозе.
Связывание с ионами металлов (metal ion binding) - селективное и нековалентное взаимодействие с ионами металлов.
Гидролазная активность (hydrolase activity) - гидролиз связей различного типа, например, CO, CN, CC, фосфорного ангидрида и т.д. гидролаза это систематическое название для любого фермента 3 класса.
Гидролазная активность, действующие на гликозильгые связи (hydrolase activity, acting on glycosyl bonds) - катализ гидролиза любой гликозильной связи.
Гидролазная активность, гидролиза О-гликозильных соединений (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds) - катализ гидролиза любой О-гликозильной связи.
Мальтоза-6'-фосфат глюкозидаза (maltose-6'-phosphate glucosidase activity) - катализ реакции: H2O + мальтоза 6'-фосфат = D-глюкоза + D-глюкозо-6-фосфат.
Оксидоредуктазная активность, действующая на СН-ОН группу, НАД или НАДФ в качестве акцептора (oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor) - катализ окислительно-восстановительных (редокс) реакций, в которых CH-OH группы выступает в качестве донора водорода или электронов и снижает заряд НАД + или НАДФ.

Специфичность? molecular function (молекулярная функция) 2

Мальтоза-6'-фосфат глюкозидаза (maltose-6'-phosphate glucosidase activity) - катализ реакции: H2O + мальтоза 6'-фосфат = D-глюкоза + D-глюкозо-6-фосфат.
Оксидоредуктазная активность, действующая на СН-ОН группу, НАД или НАДФ в качестве акцептора (oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor) - катализ окислительно-восстановительных (редокс) реакций, в которых CH-OH группы выступает в качестве донора водорода или электронов и снижает заряд НАД + или НАДФ.

Описание термина GO

термин	GO ID	Список синонимов	Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи	Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
carbohydrate metabolic process	GO:0005975	carbohydrate metabolism	GO:0044238 : primary metabolic process (is_a)	GO:0019577 : aldaric acid metabolic process (is_a) GO:0016051 : carbohydrate biosynthetic process (is_a) GO:0016052 : carbohydrate catabolic process (is_a) GO:0044262 : cellular carbohydrate metabolic process (is_a) GO:2001060 : D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate metabolic process (is_a) GO:2001058 : D-tagatose 6-phosphate matabolic process (is_a) GO:0019583 : galactonate metabolic process (is_a) GO:0070085 : glycosylation (is_a) GO:2001289 : lipid X metabolic process (is_a) GO:0044040 : multi-organism carbohydrate metabolic process (is_a) GO:0044261 : multicellular organismal carbohydrate metabolic process (is_a) GO:0045912 : negative regulation of carbohydrate metabolic process (negatively_regulates) GO:0009311 : oligosaccharide metabolic process (is_a) GO:0005976 : polysaccharide metabolic process (is_a) GO:0045913 : positive regulation of carbohydrate metabolic process (positively_regulates) GO:0006109 : regulation of carbohydrate metabolic process (regulated)
metal ion binding	GO:0046872	metal binding heavy metal binding	GO:0043169 : cation binding (is_a)	GO:0031420 : alkali metal ion binding (is_a) GO:0005509 : calcium ion binding (is_a) GO:0032791 : lead ion binding (is_a) GO:0000287 : magnesium ion binding (is_a) GO:0046911 : metal chelating activity (is_a) GO:0046914 : transition metal ion binding (is_a)
maltose-6'-phosphate glucosidase activity	GO:0050081	maltose-6'-phosphate 6-phosphoglucohydrolase activity phospho-alpha-glucosidase activity	GO:0015926 : glucosidase activity (is_a)	отсутствуют

Протеом бактерии Bacillus pseudofirmus

Протеом содержит 4310 белков (по данным SRS 4345 - почти одинаково!)
Термины GO приписаны ghbvthyj всего 61% от всех белков (2621 белков)

Как видно из гистограммы больше всего терминов из словаря Function.

Самые часто встречающиеся термины:

GO:0005524 (370) ATP binding
GO:0016021 (308) integral to membrane
GO:0005737 (272) cytoplasm
GO:0003677 (242) DNA binding
GO:0005886 (153) plasma membrane
GO:0016020 (147) membrane
GO:0003700 (118) sequence-specific DNA binding transcription factor activity
GO:0005622 (105) intracellular
GO:0000166 (100) nucleotide binding

Несмотря на то, что терминов, описывающих функции много больше, наиболее часто повторяемыми являются термины, описывающие место положение. Это понятно, так как при одинаковой локализации белки выполняют различные функции.

Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

Русское название: Корова
Английское название: cow
Латинское название: Bos taurus
Ранг таксона: вид
NCBI_TaxID: 9913
Русское название процесса: биосинтез пуринов
Английское название процесса: biosynthesis of purines
GO ID: GO:0009113 purine base biosynthetic process (Process)
Запрос в SRS: (((([uniprot-Organism:Bos*] & [uniprot-Organism:taurus*]) | [uniprot-Organism:Bos taurus*]) & [uniprot-NCBI_TaxId:9913*]) > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0009113*]))
Было найдено 8 записей (я считаю, что белков 7, так как последовательности A2VE69_BOVIN и F1MV22_BOVIN совпадают), участвующих в данном процессе, их последовательности сохранены в формате fasta.

	Онтология GO (название словаря)	Количество разных ассоциированных терминов GO	Функция белка
Где?	Сведения отсутствуют
Зачем, для чего?	biological process (биологический процесс)	3	Метаболический процесс (metabolic process) - химические реакции и пути, в том числе анаболизма и катаболизма, в котором живые организмы преобразуют химические вещества. Обменные процессы обычно преобразуют небольшие молекулы, но также включают высокомолекулярные процессы, таких как репарация ДНК, репликация,синтез и деградация белка. Не включают отдельные функции или процессы, такие как белок-белковые взаимодействия, взаимодействие белков с нуклеиновыми кислотами и взаимодействие рецептор-лиганд. Углеводный метаболический процесс (carbohydrate metabolic process) - химические реакции или пути с участием углеводов, любой группы химических соединений, основанных на формуле C_x(H2O)_y. Включает образование производных углеводов путем добавления углеводного остатка к другой молекуле. Окислительно-восстановительный процесс (oxidation-reduction process) - метаболический процесс, который приводит к удалению или добавлению одного или нескольких электронов с или без сопутствующего удаления либо добавления протона/протонов.
Молекулярный механизм?	molecular function (молекулярная функция)	8	Каталитическая активность (catalytic activity) - катализирование биохимических реакций при физиологических температурах. В биологически катализируемой реакции, реагенты (субстрат и катализатор) - естественные высокомолекулярные вещества, известных как ферменты. Ферменты обладают специфическими сайтами связывания субстратов, и, как правило, состоят полностью или в основном из белка, хотя РНК, которая имеет каталитическую активность (рибозим) также часто рассматривается как фермент. Связывание с нуклеотидами (nucleotide binding) - избирательное нековалентное взаимодействие с нуклеотидами, любое соединение, состоящее из нуклеозидов, которые этерифицированны ортофосфатом или олигофосфатом по любой гидроксильной группе на рибозе или дезоксирибозе. Связывание с ионами металлов (metal ion binding) - селективное и нековалентное взаимодействие с ионами металлов. Гидролазная активность (hydrolase activity) - гидролиз связей различного типа, например, CO, CN, CC, фосфорного ангидрида и т.д. гидролаза это систематическое название для любого фермента 3 класса. Гидролазная активность, действующие на гликозильгые связи (hydrolase activity, acting on glycosyl bonds) - катализ гидролиза любой гликозильной связи. Гидролазная активность, гидролиза О-гликозильных соединений (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds) - катализ гидролиза любой О-гликозильной связи. Мальтоза-6'-фосфат глюкозидаза (maltose-6'-phosphate glucosidase activity) - катализ реакции: H2O + мальтоза 6'-фосфат = D-глюкоза + D-глюкозо-6-фосфат. Оксидоредуктазная активность, действующая на СН-ОН группу, НАД или НАДФ в качестве акцептора (oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor) - катализ окислительно-восстановительных (редокс) реакций, в которых CH-OH группы выступает в качестве донора водорода или электронов и снижает заряд НАД + или НАДФ.
Специфичность?	molecular function (молекулярная функция)	2	Мальтоза-6'-фосфат глюкозидаза (maltose-6'-phosphate glucosidase activity) - катализ реакции: H2O + мальтоза 6'-фосфат = D-глюкоза + D-глюкозо-6-фосфат. Оксидоредуктазная активность, действующая на СН-ОН группу, НАД или НАДФ в качестве акцептора (oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor) - катализ окислительно-восстановительных (редокс) реакций, в которых CH-OH группы выступает в качестве донора водорода или электронов и снижает заряд НАД + или НАДФ.