Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/~alex2308/pymol/pym1.html
Дата изменения: Mon Sep 13 16:35:56 2010 Дата индексирования: Mon Oct 1 20:53:28 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Введение в PyMOL
hide all show spheres, not symbol c+s+n+o+h show sticks, byres symbol fe around 3.5Чтобы подписи были крупнее и располагались ближе изображений атомов, воспользовался командами:
set label_size, 30 set sphere_scale, 0.5 set label_position, (0.0, 0.0, 5.0)Для более качественного изображения восользовался командой
rayпосле чего сохранил изображение с помощью команды
png 1kmy.pngИскомый ион оказался ионом железа (II). Среди связанных с ним координационными связями лигандов и аминокислотных остатков оказались два остатка гистидина (остатки His-146 и His-210), остаток глутаминовой кислоты (Glu-260), а также лиганд бифенил-2,3-диол (BPY):
hide all show sticks, byres resn thrДанный белок содержит всего три остатка треонина (Thr-5, Thr-7 и Thr-28):
hide all show sticks, byres resi 75-100 and chain cПолучаем изображение такого вида:
REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI
hide all show sticks, byres a/136/ or c/167/В результате было получено следующее изображение остатков:
REMARK 480 ZERO OCCUPANCY ATOM REMARK 480 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE ATOMS MODELED WITH ZERO REMARK 480 OCCUPANCY. THE LOCATION AND PROPERTIES OF THESE ATOMS REMARK 480 MAY NOT BE RELIABLE. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; REMARK 480 C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE): REMARK 480 M RES C SSEQI ATOMS REMARK 480 ASN A 136 CG OD1 ND2 REMARK 480 ARG C 167 CB CG CD NE CZ NH1 NH2
hide all show sticks, byres resi 21В результате было получено следующее изображение:
hide all show sticks, byres resi 67В результате было получено следующее изображение (остатков TRP-67 цепей С и D):
load 5RXN.pdb hide all select amino, byres resn thr show sticks, amino label n. ca and amino, "%s-%s" % (resn, resi) set label_size, 20 set label_position, (0.0, 0.0, 5.0) orient amino ray |
Назад