Файлы, полученные при использовании программы fiber пакета 3DNA, можно просмотреть по ссылкам:
gatc-a.pdb
gatc-b.pdb
gatc-z.pdb
| выделен сахарофосфатный остов | выделены все нуклеотиды | выделены только гуанины | выделены атомы N7 в каждом гуанине | выделены атомы N7 в каждом гуанине | |
| А-ДНК |  |
 |
 |
 |
 |
| B-ДНК |  |
 |
 |
 |
 |
| Z-ДНК |  |
 |
 |
 |
Выше приведенные изображения были получены при использовании скрипта:
dna_rna.spt*
_______________
dna_rna.spt*-как видно из текста скрипта, в нем отсутсвуют команды zap и load, т.к. при отсутствии этих команд этот скрипт можно использовать для любого pdb файла
_______________
2cv1.pdb
Координаты атомов только ДНК, РНК приведены в файлах:
dna.pdb
rna.pdb
- В сторону большой бороздки обращены атомы: 2.С8, 2.N7, 2.C5, 2.C6, 2.N6
- В сторону малой бороздки обращены атомы: 2.N1, 2.C2, 2.N3, 2.C4
- Атом 2.N9 смотрит как в малую, так и в большую бороздки. ______________
- Торсионные углы для аденина
 |
| На изображении представлена B-форма ДНК,
отмечена большая и малая бороздки. |
Расположение данных атомов в аденине можно посмотреть в файле - a.sk2
______________
| A-форма | B-форма | *Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 7,98 (от фосфата А) | 17,21 (от фосфата С) | 9,86 (от фосфата С) |
| Ширина малой бороздки | 16,81 (от фосфата А) | 11,69 (от фосфата С) | 18,53 (от фосфата С) |
| alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi | |
| А-ДНК | -51.7 | 174.8 | 41.7 | 79.1 | -147.8 | -75.1 | -157.2 |
| В-ДНК | -29.9 | 136.3 | 31.2 | 143.3 | -140.8 | -160.5 | -98.0 |
- Сравнение торсионных углов для различных типов ДНК tors.txt-в файле приведены торсионные углы для различных типов ДНК.
- Торсионные углы в тРНК В файле trna_tors.txt приведены значения торсионных углов для тРНК (PDB ID 2cv1). Данная структура в наибольшей степени похожа на A-форму ДНК.
- Торсионные углы в ДНК В файле dna_tors.txt приведены значения торсионных углов для ДНК (PDB ID 1h9t).
- Водородные связи В файле h_bonds.txt описаны водородные связи в тРНК
- Стебли.
- Неканонические пары. В данной структуре содержится 9 неканонических пар ( в файле h_bonds.txt отмечены *)
- Третичная структура тРНК В данной тРНК содержится 4 пары оснований, водородные связи между которыми стабилизируют третичную структуру данной нуклеиновой кислоты.
- Cтэкинг-взаимодействия overlap.txt- в данном файле содержится информация о стэкинг-взаимодействиях.
Для А- и В-формы ДНК в наибольшей степени отличаются углы delta, zeta и chi
Для А- и Z-формы ДНК (рассматриваются углы для G Z-формы ДНК) в наибольшей степени отличаются углы alpha, gamma и chi
Для А- и Z-формы ДНК (рассматриваются углы для C Z-формы ДНК) в наибольшей степени отличаются углы alpha, beta, delta, epsilon и zeta
Для B- и Z-формы ДНК (рассматриваются углы для G Z-формы ДНК)в наибольшей степени отличаются углы alpha, gamma, delta, zeta и chi
Для B- и Z-формы ДНК (рассматриваются углы для C Z-формы ДНК)в наибольшей степени отличаются углы alpha, beta, epsilon, zeta и chi
В файле analyse.xls приведен анализ торсионны углов (в файле к основаниям, отмеченным цветом, прикрепены примечания, в которых указаны наиболее отклоняющиеся углы)
Во вторичной стуктуре тРНК стебли образуются за счет формирования водородных связей между следующими нуклеотидами:
1)Акцепторный стебель:
501_:[..G]G-----C[..C]:.572
502_:[..G]G-*---U[..U]:.571
503_:[..C]C-----G[..G]:.570
504_:[..C]C-----G[..G]:.569
505_:[..C]C-----G[..G]:.568
506_:[..C]C-----G[..G]:.567
507_:[..A]Ax----U[..U]:.566
2)D-стебель:
521_:[..A]Ax**--G[..G]:.515
522_:[..G]G-*---U[..U]:.513
523_:[..G]G-----C[..C]:.512
524_:[..A]A-----U[..U]:.511
525_:[..C]C----xG[..G]:.510
3)Антикодоновый стебель:
526_:[..G]G-*---A[..A]:.544
527_:[..C]C-----G[..G]:.543
528_:[..G]G-----C[..C]:.542
529_:[..G]G-----C[..C]:.541
530_:[..C]C-----G[..G]:.540
531_:[..C]C-----G[..G]:.539
532_:[..C]C-*---A[..A]:.538
4)Т-петля:
549_:[..G]G-----C[..C]:.565
550_:[..G]G-----C[..C]:.564
551_:[..G]G-----C[..C]:.563
552_:[..G]G-----C[..C]:.562
553_:[..G]G----xC[..C]:.561
554_:[..U]U-**-xA[..A]:.558
555_:[..U]Ux**+xG[..G]:.518
519_:[..G]G----xC[..C]:.556
520_:[..U]Ux**-xC[..C]:.548
508_:[..U]Ux**--A[..A]:.514
| Стандартное изображение стэкинг взаимодействия (для наибольших значений областей перекрывания) |  |
 |
 |
| Суммарное значение для области перкрывания | 13,61 | 13,48 | 10,05 |
| Стандартное изображение стэкинг взаимодействия (для наименьших значений областей перекрывания) |  |
 |
|
| Суммарное значение для области перкрывания | 1,50 | 0,00 |
©Анисенко Андрей