Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/~a_anisenko/term3/Practice4/dna_prot.html
Дата изменения: Tue Oct 12 15:15:00 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 12:04:49 2012
Кодировка: Windows-1251
ДНК-белковые комплексы Третий семестр

ДНК-белковые комплексы

  1. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
  2. Пресказание вторичной структур тРНК
    1. Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов
    2. Получение вторичной структуры с помощью программы einverted весьма затруднительно. При длительном подборе параметров наилучшим вариантом стал следующий вызов программы:
      штраф за гэп 12
      минимальный вес 10
      вес совпадения 5
      вес несовпадения -6
    3. Предcказание вторичной структуры по алгоритму Зукера
    4. Для получения предсказания вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера, была использована программа mfold. Сначала была использована команда со стандартными значениями параметров (P=5):
      mfold SEQ='2cv1_nucl.fasta'
      
      Затем я менял параметр P, придавая ему значения 10,15,20. Например:
      mfold SEQ='2cv1_nucl.fasta' P=10
      
      Но при увеличении значения параметра P появлялись структуры, все больше отличающиеся от реальной. При стандартном значении была получена структура, наиболее близкая к реальной:

      Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 2cv1.pdb
      Участок структуры Позиции в структуре
      (по результатам find_pair)
      Результаты предсказания
      с помощью einverted
      Результаты предсказания
      по алгоритму Зукера
      Акцепторный стебель 5' 501-507 3'
      5' 566-572 3'
      Всего 7 пар
      предсказано 5 пар из 7 реальных предсказано 7 пар из 7 реальных
      D-стебель 5' 510-513 3'
      5' 522-525 3'
      Всего 4 пар
      предсказано 0 пар предсказано 4 пары из 4 реальных и лишняя
      T-стебель 5' 549-553 3'
      5' 561-565 3'
      Всего 5 пар
      предсказано 0 пар предсказано 5 пар, но со сдвигом на 1 нуклеотид
      Антикодоновый стебель 5' 526-532 3'
      5' 538-544 3'
      Всего 7 пар
      предсказано 0 пар предсказано 5 пар из 7 реальных
      Общее число канонических пар нуклеотидов 23 5 22


    ©Анисенко Андрей