Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/~a_anisenko/term3/Practice4/dna_prot.html
Дата изменения: Tue Oct 12 15:15:00 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 12:04:49 2012 Кодировка: Windows-1251 |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
ДНК в остовной моделе | + выделены атомы set1 | + выделены атомы set2 | + выделены атомы set3 |
Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
остатками 2'-дезоксирибозы | 8 | 32 | 40 |
остатками фосфорной кислоты | 19 | 14 | 33 |
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 9 | 9 | 18 |
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 1 | 2 | 3 |
mfold SEQ='2cv1_nucl.fasta'Затем я менял параметр P, придавая ему значения 10,15,20. Например:
mfold SEQ='2cv1_nucl.fasta' P=10Но при увеличении значения параметра P появлялись структуры, все больше отличающиеся от реальной. При стандартном значении была получена структура, наиболее близкая к реальной:
Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 2cv1.pdb
Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
Акцепторный стебель | 5' 501-507 3' 5' 566-572 3' Всего 7 пар |
предсказано 5 пар из 7 реальных | предсказано 7 пар из 7 реальных |
D-стебель | 5' 510-513 3' 5' 522-525 3' Всего 4 пар |
предсказано 0 пар | предсказано 4 пары из 4 реальных и лишняя |
T-стебель | 5' 549-553 3' 5' 561-565 3' Всего 5 пар |
предсказано 0 пар | предсказано 5 пар, но со сдвигом на 1 нуклеотид |
Антикодоновый стебель | 5' 526-532 3' 5' 538-544 3' Всего 7 пар |
предсказано 0 пар | предсказано 5 пар из 7 реальных |
Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | 5 | 22 |