1.1 --- a/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web.xml	Fri Jan 11 18:28:45 2013 +0400
     1.2 +++ b/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web.xml	Fri Jan 11 19:58:32 2013 +0400
     1.3 @@ -22,6 +22,50 @@
     1.4      <message id='pair.main.Header_compare'><h1>CompareAln3D</h1></message>
     1.5      <message id='pair.main.Refresh'>Refresh</message>
     1.6      <message id='pair.main.Reset'>Reset</message>
     1.7 +    <message id='pair.main.Description'>
     1.8 +        Pair-cores detects reliable blocks (plus-blocks) for input alignment
     1.9 +        of sequences with known 3D structure.
    1.10 +        Reliable block consists of parts of sequences, which correspond each
    1.11 +        other in the alignment and share similar 3D structures.
    1.12 +        The degree of similarity is regulated by algorithm parameters.
    1.13 +        Steps of the algorithm:
    1.14 +        <ol>
    1.15 +        <li>Find geometrical cores for each pair of sequences
    1.16 +            from input alignment.</li>
    1.17 +        <li>Filter pair geometrical cores.
    1.18 +            Pair geometrical cores with too few alignment positions
    1.19 +            (less than theshold) are discarded.
    1.20 +            Option "Ignore cores, owned by one SS element" can be enabled
    1.21 +            to discard pair cores, located in only one element of secondary
    1.22 +            structure of protein (because each SS elements of the same type
    1.23 +            (alpha-helix, beta-chains) share similar 3D structure).</li>
    1.24 +        <li>Create high blocks (plus-blocks).
    1.25 +            There are two implementations of this step:
    1.26 +            homology (recommended by default) and blocks3D.
    1.27 +            <br/>
    1.28 +            <b>Homology</b>. Aminoacids of the same position
    1.29 +            of a pair geometrical core are considered homologous;
    1.30 +            relation of homology is enclosed by transitivity in each
    1.31 +            alignment position.
    1.32 +            Classes of homologous residues, followed one after another and
    1.33 +            located on same sequences, are considered plus-block.
    1.34 +            <br/>
    1.35 +            <b>blocks3D</b>. Construct a graph. Vertices are all residues
    1.36 +            of the alignment. Two residues are connected with an edge,
    1.37 +            if there is a pair geometrical core, including both residues.
    1.38 +            Find cliques in the graph. Found cliques are sorted by number of
    1.39 +            affected sequences and then by number of resudues.
    1.40 +            First clique is considered a plus-block;
    1.41 +            it is removed from the graph; find next clique and so on.
    1.42 +            Cliques are searched using time-limited Bron-Kerbosch algorithm.
    1.43 +            After timeout, fast heuristic algorithm is run.</li>
    1.44 +        </ol>
    1.45 +        Algorithm parameters can be regulated in pair-cores service.
    1.46 +        Results are available in several formats: interactive visualisation
    1.47 +        of plus-blocks over input alignment (HTML, JavaScript);
    1.48 +        superimposition of protein structures by plus-blocks (Pymol);
    1.49 +        table output.
    1.50 +    </message>
    1.51      <message id='pair.main.Example'>
    1.52          Here is an example of an alignment for input for the program:
    1.53      </message>

     2.1 --- a/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web_ru.xml	Fri Jan 11 18:28:45 2013 +0400
     2.2 +++ b/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web_ru.xml	Fri Jan 11 19:58:32 2013 +0400
     2.3 @@ -28,6 +28,57 @@
     2.4  
     2.5      <message id='pair.main.Refresh'>Обновить</message>
     2.6      <message id='pair.main.Reset'>Сбросить</message>
     2.7 +    <message id='pair.main.Description'>
     2.8 +        Сервис pair-cores служит для
     2.9 +        детектирования достоверных блоков (плюс-блоков) во входном выравнивании
    2.10 +        последовательностей белков с известной пространственной структурой.
    2.11 +        Достоверный блок состоит из непрерывных участков последовательностей,
    2.12 +        занимающих одни и те же позиции выравнивания, и таких, что
    2.13 +        соответствующие им фрагменты полипептидных цепей имеют
    2.14 +        сходное  расположение в пространстве.
    2.15 +        Степень сходства регулируется параметрами алгоритма.
    2.16 +        Разработанный нами алгоритм включает следующие этапы:
    2.17 +        <ol>
    2.18 +        <li>Нахождение геометрических ядер для всех пар последовательностей.</li>
    2.19 +        <li>Фильтрация парных геометрических ядер.
    2.20 +            Отбрасываются парные геометрические ядра,
    2.21 +            число позиций в которых меньше порога.
    2.22 +            По запросу пользователя также отбрасываются парные геометрические
    2.23 +            ядра, принадлежащие ровно одному элементу вторичной структуры.
    2.24 +            Эта возможность предусмотрена в связи с тем, что любые два
    2.25 +            одинаковых (альфа-спираль, бета-тяж) элемента
    2.26 +            вторичной структуры сходны.</li>
    2.27 +        <li>Построение максимальных вертикальных блоков ?
    2.28 +            плюс-блоков. Реализованы два алгоритма, homology
    2.29 +            (рекомендуемый по умолчанию) и blocks3D.
    2.30 +            <br/>
    2.31 +            <b>Homology</b>. Аминокислотные остатки из одной позиции парного
    2.32 +            геометрического ядра объявляются гомологичными;
    2.33 +            отношение гомологичности замыкается по транзитивности в каждой
    2.34 +            позиции входного выравнивания.
    2.35 +            Последовательно идущие  классы гомологичных остатков, включающие
    2.36 +            аминоксилотные остатки из одних и тех же последовательностей,
    2.37 +            объявляются плюс-блоком.
    2.38 +            <br/>
    2.39 +            <b>blocks3D</b>. Строится граф, вершинами которого являются
    2.40 +            все аминокислотные остатки всех входных последовательностей,
    2.41 +            два остатка соединены ребром, если они входят в одно парное
    2.42 +            геометрическое ядро.
    2.43 +            В полученном графе находятся клики. Клики упорядочиваются по числу
    2.44 +            последовательностей, аминокислотные остатки которых входят в клику.
    2.45 +            Первая клика объявляется плюс-блоком, она удаляется из графа и
    2.46 +            процедура повторяется.
    2.47 +            Поиск клики осуществляется алгоритмом Брона-Кербоша с
    2.48 +            ограничением по времени; если время превышено, то включается быстрый
    2.49 +            эвристический алгоритм.</li>
    2.50 +        </ol>
    2.51 +        Сервис pair-cores позволяет регулировать параметры алгоритма.
    2.52 +        Результат представлен в нескольких форматах, включающих интерактивную
    2.53 +        визуализацию плюс-блоков на выравнивании последовательностей, совмещение
    2.54 +        структур белков по плюс-блокам, реализованное как скрипт
    2.55 +        для программы PyMol, визуализирующей структуры,
    2.56 +        табличное описание плюс-блоков.
    2.57 +    </message>
    2.58      <message id='pair.main.Example'>
    2.59          Пример входного выравнивания для программы:
    2.60      </message>

     3.1 --- a/pair_cores/web/pair-cores.cpp	Fri Jan 11 18:28:45 2013 +0400
     3.2 +++ b/pair_cores/web/pair-cores.cpp	Fri Jan 11 19:58:32 2013 +0400
     3.3 @@ -181,6 +181,8 @@
     3.4      new WBreak(root());
     3.5      new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Example"), root());
     3.6      new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Example_fasta"), root());
     3.7 +    new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Description"), root());
     3.8 +    new WBreak(root());
     3.9      new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Rfbr"), root());
    3.10  }
    3.11