1.1 --- a/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web.xml	Tue Jan 15 18:31:47 2013 +0400
     1.2 +++ b/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web.xml	Tue Jan 15 18:33:10 2013 +0400
     1.3 @@ -5,23 +5,20 @@
     1.4          <a href='#example'>example</a>
     1.5      </message>
     1.6      <message id='desc.Blocks3D'>
     1.7 -        There are two implementations for building high blocks
     1.8 -        from pair geometrical cores.
     1.9 -        Blocks3D algorithm is older one.
    1.10 -        See detailed description below.
    1.11 +        Switch to Blocks3D algorithm for building high blocks.
    1.12 +        Homology algorithm by default.
    1.13      </message>
    1.14      <message id='desc.Blocks3D_timeout'>
    1.15 -        Cliques are searched using time-limited Bron-Kerbosch algorithm.
    1.16 -        After timeout, fast heuristic algorithm is run.
    1.17 +        Time limit for <a
    1.18 +        href='http://en.wikipedia.org/wiki/Bron%E2%80%93Kerbosch_algorithm'>
    1.19 +        Bron-Kerbosch clique finding algorithm</a>.
    1.20          This parameter is applied while building
    1.21          high blocks using Blocks3D algorithm.
    1.22      </message>
    1.23      <message id='desc.Delta'>
    1.24 -        For each pair of positions from pair geometrical core
    1.25 -        distances between corresponding C<sub>?</sub>-atoms
    1.26 -        of two proteins differ less or equal to Delta ?.
    1.27 -        See <a href='http://mouse.belozersky.msu.ru/tools/gcore.html'>
    1.28 -        detailed description</a>.
    1.29 +        ?. Distance threshold for pair <a
    1.30 +        href='http://mouse.belozersky.msu.ru/tools/gcore.html#GeometricalCore'>
    1.31 +        geometrical core</a> detection algorithm.
    1.32      </message>
    1.33      <message id='desc.High_blocks'>
    1.34          Table file with high block (see column names in file header).
    1.35 @@ -53,8 +50,9 @@
    1.36          Table file with pair cores (see column names in file header).
    1.37      </message>
    1.38      <message id='desc.Pair_timeout'>
    1.39 -        Cliques are searched using time-limited Bron-Kerbosch algorithm.
    1.40 -        After timeout, fast heuristic algorithm is run.
    1.41 +        Time limit for <a
    1.42 +        href='http://en.wikipedia.org/wiki/Bron%E2%80%93Kerbosch_algorithm'>
    1.43 +        Bron-Kerbosch clique finding algorithm</a>.
    1.44          This parameter is applied while building cliques for pair cores.
    1.45      </message>
    1.46      <message id='desc.Pymol'>
    1.47 @@ -71,7 +69,7 @@
    1.48      </message>
    1.49  
    1.50      <message id='pair.in.Alignment'>Alignment file</message>
    1.51 -    <message id='pair.in.Delta'>Distance spreading</message>
    1.52 +    <message id='pair.in.Delta'>Distance threshold</message>
    1.53      <message id='pair.in.Markup'>Markup file</message>
    1.54      <message id='pair.in.SS'>Ignore cores, owned by one SS element</message>
    1.55      <message id='pair.in.Width'>Min width of a block</message>

     2.1 --- a/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web_ru.xml	Tue Jan 15 18:31:47 2013 +0400
     2.2 +++ b/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web_ru.xml	Tue Jan 15 18:33:10 2013 +0400
     2.3 @@ -6,23 +6,20 @@
     2.4          <a href='#example'>пример</a>
     2.5      </message>
     2.6      <message id='desc.Blocks3D'>
     2.7 -        Реализованы два алгоритма построения максимальных вертикальных блоков.
     2.8 -        Blocks3D ? более ранний из них.
     2.9 -        Смотрите ниже подробное описание.
    2.10 +        Использовать алгоритм Blocks3D для построения вертикальных блоков.
    2.11 +        По умолчанию используется алгоритм Homology.
    2.12      </message>
    2.13      <message id='desc.Blocks3D_timeout'>
    2.14 -        Поиск клики осуществляется алгоритмом Брона-Кербоша с ограничением
    2.15 -        по времени; если время превышено, то включается
    2.16 -        быстрый эвристический алгоритм.
    2.17 +        Ограничение времени для <a
    2.18 +        href='http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%90%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC_%D0%91%D1%80%D0%BE%D0%BD%D0%B0_%E2%80%94_%D0%9A%D0%B5%D1%80%D0%B1%D0%BE%D1%88%D0%B0'>
    2.19 +        алгоритма Брона-Кербоша поиска клик</a>.
    2.20          Этот параметр используется в алгоритме Blocks3D
    2.21          при построении вертикальных блоков.
    2.22      </message>
    2.23      <message id='desc.Delta'>
    2.24 -        Для каждой пары позиций из геометрического ядра
    2.25 -        расстояния между соответствующими C<sub>?</sub>-атомами
    2.26 -        двух белков отличаются не более чем на Delta ?.
    2.27 -        Смотрите <a href='http://mouse.belozersky.msu.ru/tools/gcore.html'>
    2.28 -        подробное описание</a>.
    2.29 +        ?. Порог расстояний для алгоритма нахождения парных <a
    2.30 +        href='http://mouse.belozersky.msu.ru/tools/gcore.html#GeometricalCore'>
    2.31 +        геометрических ядер</a>.
    2.32      </message>
    2.33      <message id='desc.High_blocks'>
    2.34          Таблица с вертикальными блоками
    2.35 @@ -61,8 +58,9 @@
    2.36          (смотрите имена колонок в заголовке файла).
    2.37      </message>
    2.38      <message id='desc.Pair_timeout'>
    2.39 -        Поиск клики осуществляется алгоритмом Брона-Кербоша с ограничением
    2.40 -        по времени; если время превышено, то включается
    2.41 +        Ограничение времени для <a
    2.42 +        href='http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%90%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC_%D0%91%D1%80%D0%BE%D0%BD%D0%B0_%E2%80%94_%D0%9A%D0%B5%D1%80%D0%B1%D0%BE%D1%88%D0%B0'>
    2.43 +        алгоритма Брона-Кербоша поиска клик</a>.
    2.44          быстрый эвристический алгоритм.
    2.45          Этот параметр используется при построении парных геометрических ядер.
    2.46      </message>