1.1 --- a/blocks3d/wt/blocks3d-wt.C	Wed Jan 25 00:37:52 2012 +0400
     1.2 +++ b/blocks3d/wt/blocks3d-wt.C	Wed Jan 25 13:30:37 2012 +0400
     1.3 @@ -33,9 +33,6 @@
     1.4          new Wt::WBreak(blocks3d_widget_area);
     1.5          new Wt::WTemplate(Wt::WString::tr("example"), blocks3d_widget_area);
     1.6          new Wt::WTemplate(Wt::WString::tr("example_fasta"), blocks3d_widget_area);
     1.7 -        Wt::WTemplate* abstract = new Wt::WTemplate(Wt::WString::tr("abstract"),
     1.8 -                blocks3d_widget_area);
     1.9 -        abstract->setStyleClass("abstract");
    1.10          new Wt::WTemplate(Wt::WString::tr("rfbr"), blocks3d_widget_area);
    1.11      }
    1.12  

     2.1 --- a/blocks3d/wt/files/css/1.css	Wed Jan 25 00:37:52 2012 +0400
     2.2 +++ b/blocks3d/wt/files/css/1.css	Wed Jan 25 13:30:37 2012 +0400
     2.3 @@ -3,12 +3,3 @@
     2.4  	font-size: 250%;
     2.5  	font-weight: bold;
     2.6  }
     2.7 -
     2.8 -.abstract {
     2.9 -	margin: 0px 20px 10px 20px;
    2.10 -	padding: 5px 20px 1px 20px;
    2.11 -	text-align: justify;
    2.12 -	background-color: #CFE4EB;
    2.13 -	color: #004040;
    2.14 -}
    2.15 -

     3.1 --- a/blocks3d/wt/locales/blocks3d.xml	Wed Jan 25 00:37:52 2012 +0400
     3.2 +++ b/blocks3d/wt/locales/blocks3d.xml	Wed Jan 25 13:30:37 2012 +0400
     3.3 @@ -66,66 +66,5 @@
     3.4          the Russian Foundation for Basic Research, grant 09-04-92743
     3.5      </message>
     3.6  
     3.7 -    <message id='abstract'>
     3.8 -        <p>
     3.9 -            The program <b>Blocks3D</b> was created as well as Web UI for it,
    3.10 -            which is available at <a href="http://kodomo.fbb.msu.ru/blocks3d/">
    3.11 -            http://kodomo.fbb.msu.ru/blocks3d/</a>.
    3.12 -            The program is designed for identification of blocks of
    3.13 -            identically positioned protein chain segments from a multiple
    3.14 -            alignment of proteins with known 3D structure.
    3.15 -            The input of the program is a multiple
    3.16 -            alignment of proteins with known 3D structure (sequence names
    3.17 -            should include PDB identifier and chain identifier).
    3.18 -            A block is considered reliable if for each two
    3.19 -            positions and for each two sequences of the block, the distance
    3.20 -            between C<sub>?</sub>-atoms of amino acid residues of one
    3.21 -            sequence, located in these two positions,
    3.22 -            differs from the distance between C<sub>?</sub>-atoms of
    3.23 -            corresponding residues of another sequence in less than the
    3.24 -            specified threshold value (e.g., 2 angstroms).
    3.25 -            Thus, all protein chain segments from the one block,
    3.26 -            are about the same in space.
    3.27 -            The program produces a HTML-file with alignment image
    3.28 -            colored by blocks.
    3.29 -        </p>
    3.30 -        <p>
    3.31 -            Blocks3D program was applied for evaluation of alignments from
    3.32 -            the <b>Pfam</b> bank. 2223 alignments, containing at least two
    3.33 -            protein sequences with known structure, were taken from this bank.
    3.34 -            Then each alignment was got rid from all sequences without
    3.35 -            known 3D structure; so ?stripped? alignments of proteins
    3.36 -            with known 3D structure were obtained.
    3.37 -            To evaluate the quality of these alignments
    3.38 -            <b>the rate of independent errors was introduced</b>.
    3.39 -            To calculate it, the alignment is run through Blocks3D,
    3.40 -            which splits it to blocks.
    3.41 -            For each column the number of independent errors is the number
    3.42 -            of blocks intersecting with the column, reduced by 1
    3.43 -            (e.g., if the whole column is located in the one block,
    3.44 -            then there are no errors in the column).
    3.45 -            For entire alignment, the weighted average number of errors
    3.46 -            was calculated ?
    3.47 -            the sum of productions of the number of column independent errors
    3.48 -            by proportion of column residues relative to the number of residues
    3.49 -            of the alignment).
    3.50 -            Most Pfam alignments were found well-confirmed by 3D structure:
    3.51 -            1526 stripped alignments contained less than 0.5 independent errors
    3.52 -            per column.
    3.53 -            At the same time 215 alignments were discovered to have the value
    3.54 -            more than 1, and event four with the value more than 3.
    3.55 -        </p>
    3.56 -        <p>
    3.57 -            The developed method of evaluation quality of alignment could be
    3.58 -            applied for
    3.59 -            <b>comparison of multiple alignment programs efficiency</b>.
    3.60 -        </p>
    3.61 -        <p>
    3.62 -            The results were presented at seminars of <b>RECESS</b> group and
    3.63 -            on Fifth Moscow Conference on Computational Molecular Biology
    3.64 -            (<b>MCCMB'11</b>).
    3.65 -        </p>
    3.66 -    </message>
    3.67 -
    3.68  </messages>
    3.69  

     4.1 --- a/blocks3d/wt/locales/blocks3d_ru.xml	Wed Jan 25 00:37:52 2012 +0400
     4.2 +++ b/blocks3d/wt/locales/blocks3d_ru.xml	Wed Jan 25 13:30:37 2012 +0400
     4.3 @@ -62,68 +62,5 @@
     4.4          Российским Фондом Фундаментальных Исследований, грант 09-04-92743
     4.5      </message>
     4.6  
     4.7 -    <message id='abstract'>
     4.8 -        <p>
     4.9 -            Создана программа <b>Blocks3D</b> и веб-интерфейс к ней,
    4.10 -            доступный по адресу <a href="http://kodomo.fbb.msu.ru/blocks3d/">
    4.11 -            http://kodomo.fbb.msu.ru/blocks3d/</a>.
    4.12 -            Программа предназначена
    4.13 -            для выявления блоков одинаково расположенных участков цепей белка по
    4.14 -            множественному выравниванию последовательностей белков с известной
    4.15 -            пространственной структурой.
    4.16 -            На вход программе подается выравнивание
    4.17 -            белков, имеющих известную пространственную структуру (названия
    4.18 -            последовательностей должны содержать код банка PDB и идентификатор
    4.19 -            цепи белка).
    4.20 -            Достоверным блоком считается такой, что для любых двух
    4.21 -            позиций и для любых двух последовательностей блока расстояние
    4.22 -            между C<sub>?</sub>-атомами аминокислотных остатков одной
    4.23 -            последовательности, находящихся в данных двух позициях,
    4.24 -            отличается от расстояния между C<sub>?</sub>-атомами соответствующих
    4.25 -            остатков другой последовательности меньше чем на заданное пороговое
    4.26 -            значение (например, два ангстрема).
    4.27 -            Таким образом, все участки цепей белка, относящиеся к одному блоку,
    4.28 -            примерно одинаково расположены в пространстве.
    4.29 -            Программа выдает HTML-файл, содержащий изображение выравнивания
    4.30 -            с раскраской по блокам.
    4.31 -        </p>
    4.32 -        <p>
    4.33 -            Программа Blocks3D была применена для оценки выравниваний, взятых из
    4.34 -            банка <b>Pfam</b>. Из этого банка было извлечено 2223 выравнивания,
    4.35 -            содержащих как минимум две последовательности белков с известной
    4.36 -            пространственной структурой. Далее из каждого выравнивания были
    4.37 -            удалены все последовательности, для которых не была известна
    4.38 -            пространственная структура; таким образом были получены ?урезанные?
    4.39 -            выравнивания белков с известной структурой.
    4.40 -            Для оценки качества этих выравниваний был придуман
    4.41 -            <b>показатель числа независимых ошибок в колонке</b>.
    4.42 -            Чтобы определить его, на выравнивании запускается программа
    4.43 -            Blocks3D, которая разбивает выравнивание на блоки.
    4.44 -            Для каждой колонки число независимых ошибок есть уменьшенное на
    4.45 -            единицу число блоков, пересекающихся с данной колонкой
    4.46 -            (например, если вся колонка попала в один блок,
    4.47 -            то ошибок в данной колонке нет). Для выравнивания в целом
    4.48 -            вычислялось среднее взвешенное число ошибок ?
    4.49 -            сумма по всем колонкам произведений числа независимых ошибок в
    4.50 -            колонке на долю остатков в колонке относительно числа остатков в
    4.51 -            выравнивании). Было установлено, что большинство выравниваний из
    4.52 -            банка Pfam хорошо подтверждаются пространственными структурами: 1526
    4.53 -            урезанных выравниваний имели менее 0,5 независимых ошибок на одну
    4.54 -            колонку.
    4.55 -            В то же время было обнаружено 215 выравниваний со значением больше 1
    4.56 -            и даже четыре выравнивания со значением больше 3.
    4.57 -        </p>
    4.58 -        <p>
    4.59 -            Разработанная методика оценки качества выравнивания может быть
    4.60 -            применена для <b>сравнения эффективности программ множественного
    4.61 -                выравнивания</b>.
    4.62 -        </p>
    4.63 -        <p>
    4.64 -            Результаты были доложены на семинарах группы <b>RECESS</b> и на
    4.65 -            Пятой московской международной конференции
    4.66 -            по вычислительной молекулярной биологии (<b>MCCMB'11</b>).
    4.67 -        </p>
    4.68 -    </message>
    4.69 -
    4.70  </messages>
    4.71