1.1 --- a/blocks3d/wt/blocks3d-wt.C	Tue Jan 24 22:59:54 2012 +0400
     1.2 +++ b/blocks3d/wt/blocks3d-wt.C	Wed Jan 25 00:37:52 2012 +0400
     1.3 @@ -33,6 +33,9 @@
     1.4          new Wt::WBreak(blocks3d_widget_area);
     1.5          new Wt::WTemplate(Wt::WString::tr("example"), blocks3d_widget_area);
     1.6          new Wt::WTemplate(Wt::WString::tr("example_fasta"), blocks3d_widget_area);
     1.7 +        Wt::WTemplate* abstract = new Wt::WTemplate(Wt::WString::tr("abstract"),
     1.8 +                blocks3d_widget_area);
     1.9 +        abstract->setStyleClass("abstract");
    1.10          new Wt::WTemplate(Wt::WString::tr("rfbr"), blocks3d_widget_area);
    1.11      }
    1.12  

     2.1 --- a/blocks3d/wt/files/css/1.css	Tue Jan 24 22:59:54 2012 +0400
     2.2 +++ b/blocks3d/wt/files/css/1.css	Wed Jan 25 00:37:52 2012 +0400
     2.3 @@ -3,3 +3,12 @@
     2.4  	font-size: 250%;
     2.5  	font-weight: bold;
     2.6  }
     2.7 +
     2.8 +.abstract {
     2.9 +	margin: 0px 20px 10px 20px;
    2.10 +	padding: 5px 20px 1px 20px;
    2.11 +	text-align: justify;
    2.12 +	background-color: #CFE4EB;
    2.13 +	color: #004040;
    2.14 +}
    2.15 +

     3.1 --- a/blocks3d/wt/locales/blocks3d.xml	Tue Jan 24 22:59:54 2012 +0400
     3.2 +++ b/blocks3d/wt/locales/blocks3d.xml	Wed Jan 25 00:37:52 2012 +0400
     3.3 @@ -66,5 +66,66 @@
     3.4          the Russian Foundation for Basic Research, grant 09-04-92743
     3.5      </message>
     3.6  
     3.7 +    <message id='abstract'>
     3.8 +        <p>
     3.9 +            The program <b>Blocks3D</b> was created as well as Web UI for it,
    3.10 +            which is available at <a href="http://kodomo.fbb.msu.ru/blocks3d/">
    3.11 +            http://kodomo.fbb.msu.ru/blocks3d/</a>.
    3.12 +            The program is designed for identification of blocks of
    3.13 +            identically positioned protein chain segments from a multiple
    3.14 +            alignment of proteins with known 3D structure.
    3.15 +            The input of the program is a multiple
    3.16 +            alignment of proteins with known 3D structure (sequence names
    3.17 +            should include PDB identifier and chain identifier).
    3.18 +            A block is considered reliable if for each two
    3.19 +            positions and for each two sequences of the block, the distance
    3.20 +            between C<sub>?</sub>-atoms of amino acid residues of one
    3.21 +            sequence, located in these two positions,
    3.22 +            differs from the distance between C<sub>?</sub>-atoms of
    3.23 +            corresponding residues of another sequence in less than the
    3.24 +            specified threshold value (e.g., 2 angstroms).
    3.25 +            Thus, all protein chain segments from the one block,
    3.26 +            are about the same in space.
    3.27 +            The program produces a HTML-file with alignment image
    3.28 +            colored by blocks.
    3.29 +        </p>
    3.30 +        <p>
    3.31 +            Blocks3D program was applied for evaluation of alignments from
    3.32 +            the <b>Pfam</b> bank. 2223 alignments, containing at least two
    3.33 +            protein sequences with known structure, were taken from this bank.
    3.34 +            Then each alignment was got rid from all sequences without
    3.35 +            known 3D structure; so ?stripped? alignments of proteins
    3.36 +            with known 3D structure were obtained.
    3.37 +            To evaluate the quality of these alignments
    3.38 +            <b>the rate of independent errors was introduced</b>.
    3.39 +            To calculate it, the alignment is run through Blocks3D,
    3.40 +            which splits it to blocks.
    3.41 +            For each column the number of independent errors is the number
    3.42 +            of blocks intersecting with the column, reduced by 1
    3.43 +            (e.g., if the whole column is located in the one block,
    3.44 +            then there are no errors in the column).
    3.45 +            For entire alignment, the weighted average number of errors
    3.46 +            was calculated ?
    3.47 +            the sum of productions of the number of column independent errors
    3.48 +            by proportion of column residues relative to the number of residues
    3.49 +            of the alignment).
    3.50 +            Most Pfam alignments were found well-confirmed by 3D structure:
    3.51 +            1526 stripped alignments contained less than 0.5 independent errors
    3.52 +            per column.
    3.53 +            At the same time 215 alignments were discovered to have the value
    3.54 +            more than 1, and event four with the value more than 3.
    3.55 +        </p>
    3.56 +        <p>
    3.57 +            The developed method of evaluation quality of alignment could be
    3.58 +            applied for
    3.59 +            <b>comparison of multiple alignment programs efficiency</b>.
    3.60 +        </p>
    3.61 +        <p>
    3.62 +            The results were presented at seminars of <b>RECESS</b> group and
    3.63 +            on Fifth Moscow Conference on Computational Molecular Biology
    3.64 +            (<b>MCCMB'11</b>).
    3.65 +        </p>
    3.66 +    </message>
    3.67 +
    3.68  </messages>
    3.69  

     4.1 --- a/blocks3d/wt/locales/blocks3d_ru.xml	Tue Jan 24 22:59:54 2012 +0400
     4.2 +++ b/blocks3d/wt/locales/blocks3d_ru.xml	Wed Jan 25 00:37:52 2012 +0400
     4.3 @@ -62,5 +62,68 @@
     4.4          Российским Фондом Фундаментальных Исследований, грант 09-04-92743
     4.5      </message>
     4.6  
     4.7 +    <message id='abstract'>
     4.8 +        <p>
     4.9 +            Создана программа <b>Blocks3D</b> и веб-интерфейс к ней,
    4.10 +            доступный по адресу <a href="http://kodomo.fbb.msu.ru/blocks3d/">
    4.11 +            http://kodomo.fbb.msu.ru/blocks3d/</a>.
    4.12 +            Программа предназначена
    4.13 +            для выявления блоков одинаково расположенных участков цепей белка по
    4.14 +            множественному выравниванию последовательностей белков с известной
    4.15 +            пространственной структурой.
    4.16 +            На вход программе подается выравнивание
    4.17 +            белков, имеющих известную пространственную структуру (названия
    4.18 +            последовательностей должны содержать код банка PDB и идентификатор
    4.19 +            цепи белка).
    4.20 +            Достоверным блоком считается такой, что для любых двух
    4.21 +            позиций и для любых двух последовательностей блока расстояние
    4.22 +            между C<sub>?</sub>-атомами аминокислотных остатков одной
    4.23 +            последовательности, находящихся в данных двух позициях,
    4.24 +            отличается от расстояния между C<sub>?</sub>-атомами соответствующих
    4.25 +            остатков другой последовательности меньше чем на заданное пороговое
    4.26 +            значение (например, два ангстрема).
    4.27 +            Таким образом, все участки цепей белка, относящиеся к одному блоку,
    4.28 +            примерно одинаково расположены в пространстве.
    4.29 +            Программа выдает HTML-файл, содержащий изображение выравнивания
    4.30 +            с раскраской по блокам.
    4.31 +        </p>
    4.32 +        <p>
    4.33 +            Программа Blocks3D была применена для оценки выравниваний, взятых из
    4.34 +            банка <b>Pfam</b>. Из этого банка было извлечено 2223 выравнивания,
    4.35 +            содержащих как минимум две последовательности белков с известной
    4.36 +            пространственной структурой. Далее из каждого выравнивания были
    4.37 +            удалены все последовательности, для которых не была известна
    4.38 +            пространственная структура; таким образом были получены ?урезанные?
    4.39 +            выравнивания белков с известной структурой.
    4.40 +            Для оценки качества этих выравниваний был придуман
    4.41 +            <b>показатель числа независимых ошибок в колонке</b>.
    4.42 +            Чтобы определить его, на выравнивании запускается программа
    4.43 +            Blocks3D, которая разбивает выравнивание на блоки.
    4.44 +            Для каждой колонки число независимых ошибок есть уменьшенное на
    4.45 +            единицу число блоков, пересекающихся с данной колонкой
    4.46 +            (например, если вся колонка попала в один блок,
    4.47 +            то ошибок в данной колонке нет). Для выравнивания в целом
    4.48 +            вычислялось среднее взвешенное число ошибок ?
    4.49 +            сумма по всем колонкам произведений числа независимых ошибок в
    4.50 +            колонке на долю остатков в колонке относительно числа остатков в
    4.51 +            выравнивании). Было установлено, что большинство выравниваний из
    4.52 +            банка Pfam хорошо подтверждаются пространственными структурами: 1526
    4.53 +            урезанных выравниваний имели менее 0,5 независимых ошибок на одну
    4.54 +            колонку.
    4.55 +            В то же время было обнаружено 215 выравниваний со значением больше 1
    4.56 +            и даже четыре выравнивания со значением больше 3.
    4.57 +        </p>
    4.58 +        <p>
    4.59 +            Разработанная методика оценки качества выравнивания может быть
    4.60 +            применена для <b>сравнения эффективности программ множественного
    4.61 +                выравнивания</b>.
    4.62 +        </p>
    4.63 +        <p>
    4.64 +            Результаты были доложены на семинарах группы <b>RECESS</b> и на
    4.65 +            Пятой московской международной конференции
    4.66 +            по вычислительной молекулярной биологии (<b>MCCMB'11</b>).
    4.67 +        </p>
    4.68 +    </message>
    4.69 +
    4.70  </messages>
    4.71