1.1 --- a/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web.xml	Tue Jan 15 18:51:35 2013 +0400
     1.2 +++ b/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web.xml	Fri Jan 25 18:11:21 2013 +0400
     1.3 @@ -87,7 +87,6 @@
     1.4      </message>
     1.5  
     1.6      <message id='pair.main.Description_header'>Description</message>
     1.7 -    <message id='pair.main.Header_compare'><h1>CompareAln3D</h1></message>
     1.8      <message id='pair.main.Refresh'>Refresh</message>
     1.9      <message id='pair.main.Reset'>Reset</message>
    1.10      <message id='pair.main.Description'>
    1.11 @@ -137,6 +136,43 @@
    1.12          superimposition of protein structures by plus-blocks (Pymol);
    1.13          table output.
    1.14      </message>
    1.15 +    <message id='pair.main.Description_compare'>
    1.16 +        <a name='description'></a>
    1.17 +        Compare alternative alignments of set of sequences using 3D structure.
    1.18 +        Both alignments are compared with plus-blocks found in them by
    1.19 +        <a href="http://mouse.belozersky.msu.ru:56929/">pair-cores</a>.
    1.20 +        Ratio of mistakes numbers for two alignment is ultimate result
    1.21 +        (named <i>score</i>). The more <i>score</i>, the better second alignment
    1.22 +        is confirmed by 3D structure (compared to first one).
    1.23 +        <br/>
    1.24 +        Alignment or set of plus-blocks is turned into set of homology classes.
    1.25 +        All upper-cased residues in a column are moved to a homology class,
    1.26 +        remaining residues (lower-cased) form homology classes of one residue.
    1.27 +        Residues from same plus-block and same column form a homology class.
    1.28 +        Remaining residues (not in plus-blocks) form homology classes
    1.29 +        of one residue.
    1.30 +        <br/>
    1.31 +        For two sets of homology classes (other vs self),
    1.32 +        weighted averege number of mistakes is defined:
    1.33 +        number of mistakes <i>other</i> vs <i>self</i>
    1.34 +        in a homology class of self is
    1.35 +        number of classes of other intersecting with the class of self minus one
    1.36 +        In other words, one mistake of other is splitting a class of self
    1.37 +        (believed to be true monomer homology class) into two classes.
    1.38 +        Wieght of a class of self is size of the class divided by
    1.39 +        total number of monomeres.
    1.40 +        <br/>
    1.41 +        Weighted averege numbers of mistakes (as <i>other</i> vs <i>self</i>):
    1.42 +        <ul>
    1.43 +        <li>aln1_e1 - plus-blocks of first alignment vs first alignment.</li>
    1.44 +        <li>aln1_e2 - first alignment vs plus-blocks of first alignment.</li>
    1.45 +        <li>aln2_e1 - plus-blocks of second alignment vs second alignment.</li>
    1.46 +        <li>aln2_e2 - second alignment vs plus-blocks of second alignment.</li>
    1.47 +        </ul>
    1.48 +        score = (aln1_e1 + aln1_e2) / (aln2_e1 + aln2_e2).
    1.49 +        <br/>
    1.50 +        If aln2_e1 + aln2_e2 = 0, score is not given.
    1.51 +    </message>
    1.52      <message id='pair.main.Example'>
    1.53          <a name='example'></a>
    1.54          Here is an example of an alignment for input for the program.
    1.55 @@ -184,6 +220,11 @@
    1.56          Find reliable blocks of an alignment using 3D structure.
    1.57          <a href='#description'>Algorithm description</a>.
    1.58      </message>
    1.59 +    <message id='pair.main.Header_compare'>
    1.60 +        <h1>CompareAln3D</h1>
    1.61 +        Compare alternative alignments of set of sequences using 3D structure.
    1.62 +        <a href='#description'>Algorithm description</a>.
    1.63 +    </message>
    1.64      <message id='pair.main.Rfbr'>
    1.65          The work was partly supported by
    1.66          the Russian Foundation for Basic Research,

     2.1 --- a/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web_ru.xml	Tue Jan 15 18:51:35 2013 +0400
     2.2 +++ b/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web_ru.xml	Fri Jan 25 18:11:21 2013 +0400
     2.3 @@ -158,6 +158,50 @@
     2.4          для программы PyMol, визуализирующей структуры,
     2.5          табличное описание плюс-блоков.
     2.6      </message>
     2.7 +    <message id='pair.main.Description_compare'>
     2.8 +        <a name='description'></a>
     2.9 +        Сравнить альтернативные выравнивания набора последовательностей
    2.10 +        с использованием пространственной структуры.
    2.11 +        Оба входных выравнивания сравниваются с плюс-блоками,
    2.12 +        найденными в них при помощи
    2.13 +        <a href="http://mouse.belozersky.msu.ru:56929/">pair-cores</a>.
    2.14 +        Отношение количества ошибок для двух выравниваний является окончательным
    2.15 +        результатом (называемым <i>score</i>). Чем больше <i>score</i>,
    2.16 +        тем лучше второе выравнивание подтверждается пространственной структурой
    2.17 +        (в сравнении с первым выравниванием).
    2.18 +        <br/>
    2.19 +        Выравнивание или набор плюс-блоков превращается в множество классов
    2.20 +        гомологичности. Все остатки, записанные в верхнем регистре, заносятся
    2.21 +        в один класс гомологичности, остальные остатки
    2.22 +        (записанные в нижнем регистре), образуют классы гомологичности,
    2.23 +        состоящие из одного остатка.
    2.24 +        Остатки из одной колонки плюс-блока заносятся в один класс
    2.25 +        гомологичности. Остатки, не попавшие в плюс-блоки, образуют классы
    2.26 +        гомологичности, состоящие из одного остатка.
    2.27 +        <br/>
    2.28 +        Для двух множеств классов гомологичности (второе относительно первого)
    2.29 +        определено средневзвешенное количество ошибок:
    2.30 +        количество ошибок <i>второго</i> относительно <i>первого</i>
    2.31 +        в классе гомологичности первого множества классов гомологичности -
    2.32 +        это количество классов гомологичности второго,
    2.33 +        пересекающихся с этим классом гомологичности первого минус один.
    2.34 +        Другими словами, одна ошибка второго множества - это расщепление
    2.35 +        класса первого множества (которое считается верным) на два класса.
    2.36 +        Весом каждого класса первого множества является размер класса,
    2.37 +        разделенный на суммарное число остатков.
    2.38 +        <br/>
    2.39 +        Средневзвешенное количество ошибок
    2.40 +        (<i>второго</i> относительно <i>первого</i>):
    2.41 +        <ul>
    2.42 +        <li>aln1_e1 - плюс-блоки первого выравнивания относительно первого выравнивания.</li>
    2.43 +        <li>aln1_e2 - первое выравнивание относительно плюс-блоков первого выравнивания.</li>
    2.44 +        <li>aln2_e1 - плюс-блоки второго выравнивания относительно второго выравнивания.</li>
    2.45 +        <li>aln2_e2 - второе выравнивание относительно плюс-блоков второго выравнивания.</li>
    2.46 +        </ul>
    2.47 +        score = (aln1_e1 + aln1_e2) / (aln2_e1 + aln2_e2).
    2.48 +        <br/>
    2.49 +        Если aln2_e1 + aln2_e2 = 0, то score не приводится.
    2.50 +    </message>
    2.51      <message id='pair.main.Example'>
    2.52          <a name='example'></a>
    2.53          Пример входного выравнивания для программы.
    2.54 @@ -171,6 +215,12 @@
    2.55          с использованием пространственной структуры.
    2.56          <a href='#description'>Описание алгоритма</a>.
    2.57      </message>
    2.58 +    <message id='pair.main.Header_compare'>
    2.59 +        <h1>CompareAln3D</h1>
    2.60 +        Сравнить альтернативные выравнивания набора последовательностей
    2.61 +        с использованием пространственной структуры.
    2.62 +        <a href='#description'>Описание алгоритма</a>.
    2.63 +    </message>
    2.64      <message id='pair.main.Rfbr'>
    2.65          Работа частично поддержана
    2.66          Российским Фондом Фундаментальных Исследований,

     3.1 --- a/pair_cores/web/compare-aln-3d.cpp	Tue Jan 15 18:51:35 2013 +0400
     3.2 +++ b/pair_cores/web/compare-aln-3d.cpp	Fri Jan 25 18:11:21 2013 +0400
     3.3 @@ -13,6 +13,7 @@
     3.4  
     3.5  #include "wc/src/Wbi.hpp"
     3.6  #include "wc/src/FileView.hpp"
     3.7 +#include "wc/src/TableForm.hpp"
     3.8  #include "wc/src/util.hpp"
     3.9  
    3.10  using namespace Wt;
    3.11 @@ -104,9 +105,15 @@
    3.12      task->set_queue(&queue);
    3.13      new TaskCountup(task, root());
    3.14      //
    3.15 +    // header Description
    3.16      new WBreak(root());
    3.17 +    TableForm* descption_tableform = new TableForm(root());
    3.18 +    descption_tableform->section(tr("pair.main.Description_header"));
    3.19 +    //
    3.20      new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Example"), root());
    3.21      new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Example_fasta_compare"), root());
    3.22 +    new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Description_compare"), root());
    3.23 +    new WBreak(root());
    3.24      new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Rfbr"), root());
    3.25  }
    3.26