Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/raw-rev/8405ddf8f8c1
Дата изменения: Unknown
Дата индексирования: Sun Feb 3 01:59:15 2013
Кодировка: UTF-8

# HG changeset patch
# User Boris Nagaev
# Date 1359123081 -14400
# Node ID 8405ddf8f8c13c4cb672db74dfadc6281b85610e
# Parent f2a7332dbc09e24c632787fe46bf47156fe63a29
compare-aln-3d/web: add short and full description

diff -r f2a7332dbc09 -r 8405ddf8f8c1 pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web.xml
--- a/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web.xml Tue Jan 15 18:51:35 2013 +0400
+++ b/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web.xml Fri Jan 25 18:11:21 2013 +0400
@@ -87,7 +87,6 @@


Description
-

CompareAln3D


Refresh
Reset

@@ -137,6 +136,43 @@
superimposition of protein structures by plus-blocks (Pymol);
table output.

+
+
+ Compare alternative alignments of set of sequences using 3D structure.
+ Both alignments are compared with plus-blocks found in them by
+ pair-cores.
+ Ratio of mistakes numbers for two alignment is ultimate result
+ (named score). The more score, the better second alignment
+ is confirmed by 3D structure (compared to first one).
+

+ Alignment or set of plus-blocks is turned into set of homology classes.
+ All upper-cased residues in a column are moved to a homology class,
+ remaining residues (lower-cased) form homology classes of one residue.
+ Residues from same plus-block and same column form a homology class.
+ Remaining residues (not in plus-blocks) form homology classes
+ of one residue.
+

+ For two sets of homology classes (other vs self),
+ weighted averege number of mistakes is defined:
+ number of mistakes other vs self
+ in a homology class of self is
+ number of classes of other intersecting with the class of self minus one
+ In other words, one mistake of other is splitting a class of self
+ (believed to be true monomer homology class) into two classes.
+ Wieght of a class of self is size of the class divided by
+ total number of monomeres.
+

+ Weighted averege numbers of mistakes (as other vs self):
+
+ score = (aln1_e1 + aln1_e2) / (aln2_e1 + aln2_e2).
+

+ If aln2_e1 + aln2_e2 = 0, score is not given.
+


Here is an example of an alignment for input for the program.
@@ -184,6 +220,11 @@
Find reliable blocks of an alignment using 3D structure.
Algorithm description.

+
+

CompareAln3D


+ Compare alternative alignments of set of sequences using 3D structure.
+ Algorithm description.
+

The work was partly supported by
the Russian Foundation for Basic Research,
diff -r f2a7332dbc09 -r 8405ddf8f8c1 pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web_ru.xml
--- a/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web_ru.xml Tue Jan 15 18:51:35 2013 +0400
+++ b/pair_cores/web/approot/locales/pair-cores-web_ru.xml Fri Jan 25 18:11:21 2013 +0400
@@ -158,6 +158,50 @@
для программы PyMol, визуализирующей структуры,
табличное описание плюс-блоков.

+
+
+ Сравнить альтернативные выравнивания набора последовательностей
+ с использованием пространственной структуры.
+ Оба входных выравнивания сравниваются с плюс-блоками,
+ найденными в них при помощи
+ pair-cores.
+ Отношение количества ошибок для двух выравниваний является окончательным
+ результатом (называемым score). Чем больше score,
+ тем лучше второе выравнивание подтверждается пространственной структурой
+ (в сравнении с первым выравниванием).
+

+ Выравнивание или набор плюс-блоков превращается в множество классов
+ гомологичности. Все остатки, записанные в верхнем регистре, заносятся
+ в один класс гомологичности, остальные остатки
+ (записанные в нижнем регистре), образуют классы гомологичности,
+ состоящие из одного остатка.
+ Остатки из одной колонки плюс-блока заносятся в один класс
+ гомологичности. Остатки, не попавшие в плюс-блоки, образуют классы
+ гомологичности, состоящие из одного остатка.
+

+ Для двух множеств классов гомологичности (второе относительно первого)
+ определено средневзвешенное количество ошибок:
+ количество ошибок второго относительно первого
+ в классе гомологичности первого множества классов гомологичности -
+ это количество классов гомологичности второго,
+ пересекающихся с этим классом гомологичности первого минус один.
+ Другими словами, одна ошибка второго множества - это расщепление
+ класса первого множества (которое считается верным) на два класса.
+ Весом каждого класса первого множества является размер класса,
+ разделенный на суммарное число остатков.
+

+ Средневзвешенное количество ошибок
+ (второго относительно первого):
+
+ score = (aln1_e1 + aln1_e2) / (aln2_e1 + aln2_e2).
+

+ Если aln2_e1 + aln2_e2 = 0, то score не приводится.
+


Пример входного выравнивания для программы.
@@ -171,6 +215,12 @@
с использованием пространственной структуры.
Описание алгоритма.

+
+

CompareAln3D


+ Сравнить альтернативные выравнивания набора последовательностей
+ с использованием пространственной структуры.
+ Описание алгоритма.
+

Работа частично поддержана
Российским Фондом Фундаментальных Исследований,
diff -r f2a7332dbc09 -r 8405ddf8f8c1 pair_cores/web/compare-aln-3d.cpp
--- a/pair_cores/web/compare-aln-3d.cpp Tue Jan 15 18:51:35 2013 +0400
+++ b/pair_cores/web/compare-aln-3d.cpp Fri Jan 25 18:11:21 2013 +0400
@@ -13,6 +13,7 @@

#include "wc/src/Wbi.hpp"
#include "wc/src/FileView.hpp"
+#include "wc/src/TableForm.hpp"
#include "wc/src/util.hpp"

using namespace Wt;
@@ -104,9 +105,15 @@
task->set_queue(&queue);
new TaskCountup(task, root());
//
+ // header Description
new WBreak(root());
+ TableForm* descption_tableform = new TableForm(root());
+ descption_tableform->section(tr("pair.main.Description_header"));
+ //
new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Example"), root());
new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Example_fasta_compare"), root());
+ new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Description_compare"), root());
+ new WBreak(root());
new Wt::WTemplate(tr("pair.main.Rfbr"), root());
}