Гибридизационные ДНК-микрочипы для анализа дифференциальной экспрессии генов и решение задач классификации на основе профилей экспрессии

1. 10 февраля 2006 г., 17:30, ауд. 221 лаб. корпуса "Б" МГУ.
   А.С. Карягина, НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи РАМН, Москва. Гибридизационные ДНК-микрочипы для анализа дифференциальной экспрессии генов. Презентация.

   Аннотация.Использование гибридизации нуклеиновых кислот для количественной оценки экспрессии генов с помощью ДНК-микрочипов. Основные типы микрочипов: олигонуклеотидные микрочипы (Affymetrix), cDNA чипы. Технологии изготовления микрочипов. Дизайн микрочипов. Схема проведения анализа на микрочипах. Система внутренних контролей, обеспечивающая возможность оценки достоверности получаемых результатов. Интернет-ресурсы, содержащие публично доступную информацию о результатах анализа экспрессии генов с помощью ДНК-микрочипов, а также помогающие проводить оценку биологической значимости полученных данных.

    

2. 16 февраля 2006 г., 17:30, ауд. 221 лаб. корпуса "Б" МГУ.
   Dr. Ilia Lossev, Parascript LLC, Boulder (Colorado), USA. Нормализация и обработка данных по экспрессии генов, полученных на ДНК-микрочипах. Презентация.

   Аннотация. Нормализация и обработка сигнала: основные принципы. Индекс экспрессии и логарифмическое преобразование данных. Глобальная линейная нормализация. Метод квантилей. Нелинейная нормализация с помощью локально-линейной регрессии.

    

3. 22 февраля 2006 г., 17:30, ауд. 221 лаб. корпуса "Б" МГУ.
   Dr. Ilia Lossev, Parascript LLC, Boulder (Colorado), USA. Решение задач классификации на основе профилей экспрессии генов. Презентация.

   Аннотация. Постановка задачи двуклассового распознавания. Измерение ошибки решающего правила. Сложность множества правил и переобучение. Распознаватели с большим зазором. Реджектная кривая. Примеры распознавателей. А) Кора. Б) TSP распознаватель. В) Линейные распознаватели. Представление о SVM.