Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/StudentScience/themes_2009s/Borisov.doc Дата изменения: Wed Mar 11 10:36:30 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 12:19:08 2012 Кодировка: koi8-r

ДЛЯ РОМАНТИКОВ, ОЗАБОЧЕННЫХ БУДУЩИМ
СТРАНЫ

Лишь использование энергии Солнца сможет разрешить углублющийся
мировой кризис. В будущем выживание человечества неизбежно потребует
масштабного осво-ения солнечной энергии. Солнечные батареи к сожалению
нерентабельны из-за высокой трудо- и энерго-емкости производства
сперхчистых кристаллов.
Однако в Природе существует глобальная солнечная энергетика -
фотосинтез расте-ний. Энергия, запасаемая в его годовой биомассе,
превышает годовые потребности чело-вечества. Конверсия световой
энергии осуществляется у фотосинтезирующих организ-мов молекулами
хлорофиллов, в тонких (~ 40 ангстрем) белково-липидных мембранах в
энергию электрических зарядов (микрофотобатареи!). Эти заряды в
форме протонов, ионов натрия и калия протекают обратно через
встроенные в мембраны АТФ-азы, преобразуясь в электрохимическую
энергию биологического топлива - молекулы АТФ. Эти микробатареи
работают без кристаллических структур, без сверхчистоты и
однородности молекул, при этом биомембраны синтезируются в клетках
«мягким» экологически чистым методом самосборки групп молекул, с
помощью энергии Солнца!
В студенческой работе предполагается.
А) Ознакомиться со схемой первичных процессов фотосинтеза и с
атомарными структурами несущих хлорофиллы белково-липидных мембран.
Б) Ознакомиться с оптическими методами идентификации молекул в
активных био-мембранах из фотосинтезирующих организмов и кинетик
окислительно-восстановите-льных реакций в процессах переноса и
преобразования энергии поглощенного света.
В) Основная работа. На основе А) и Б): использовать имеющиеся
данные для построения компьютерной модели down-hill -эстафетных
межмолекулярных переносов энергии от высокоэнергетичных молекул
хлорофиллов к комплексам хлорофилл-белковых центров, преобразующих
энергию поглощенного света в биохимическую энергию предшественников
АТФ.
Имеется в виду оригинальная работа с уклоном в математическое
моделирование. При успешной работе возможна статья в снрьезный научный
журнал.

Профессор Борисов Александр Юрьевич. Ком. 416 в корпусе «А»,
тел. 939-5413; Договориться о встрече по домашнему тел: 495-438-
2307: утром до 11-00, вечером с 18-00 до 21-00.










РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК

БИОХИМИЯ

Biochemistry

(MOSCOW)




_________________________________________

Название рукописи: Новый метод по определению квантового выхода реакционных
центров у пурпурных бактерий, основанный на их кинетических и
энергетических параметрах
Автор: А.Ю. Борисов
Поступила в редакцию: 08.11.07
Рег. ? BM 07-364

Глубокоуважаемый Александр Юрьевич!

Прежде всего, редакция приносит самые искренние извинения за
длительное рецензирование Вашей рукописи.
Вынуждены Вас огорчить. Ваша рукопись получила негативные оценки
рецензентов (см. отзывы ниже), и по решению редколлегии она не принята к
публикации в представленном виде.
Надеемся, что замечания рецензентов окажутся полезными при подготовке
данной рукописи для опубликования в другом журнале.
Портфель журнала крайне переполнен, сильно возросли сроки публикаций,
и редколлегия на своем декабрьском заседании приняла решение об ужесточении
правил приема статей к публикации.


С искренним уважением,


В.П. Скулачев
Главный редактор журнала

Р.Д.Озрина
Исп. гл. редактор
10.12.07





КОММЕНТАРИЙ 1

Рецензируемая статья А.Ю. Борисова «Новый метод по определению квантового
выхода реакционных центров у пурпурных бактерий, основанный на их
кинетических и энергетических параметрах» не может быть опубликована в
журнале БИОХИМИЯ, так как ее тема не соответствует профилю журнала (ПРАВИЛА
ДЛЯ АВТОРОВ, параграф 1.2: «Журнал «Биохимия» публикует работы по всем
разделам биохимии, а также смежных наук - молекулярной биологии,
биоорганической химии, микробиологии, физиологии и медицинской биохимии».
Редакции следует рекомендовать автору направить статью для публикации в
журнал БИОФИЗИКА или Доклады РАН (представить статью могут академики
Шувалов или Островский) или в соответствующие по профилю международные
журналы (например Biophysical Journal, Photosynthetic Research, Journal of
Physical Chemistry B).

КОММЕНТАРИЙ 2

1. В аннотации сказано: «.....К настоящему времени эти константы
определены с хорошей точностью для некоторых пурпурных бактерий, в
частности для реакционных центров из Rhodoibacter sphaeroides и ее
безкаротиноидного мутанта. На основе этих данных были определены величины
полезных квантовых выходов для них соответственно как 0,935 ± 0,013 и
0,978 ± 0,008. Столь высокая точность присуща данному методу при реальных
погрешностях в величинах использованных констант порядка 10-20%....»

Это совершенно неверно! Константы неизвестны с такой точностью.
1). Для оценки k1,2 / k2,1 автор использует данные работы [20]. На стр 8
читаем «...были использованы данные работы [20], в которой разность энергий
(?W1,2) состояний РЦ, P870* и последующего P870+/B800- была определена как
550 ±30 см-1 из температурной зависимости замедленной люминесценции
P870*....». На самом деле в работе [20] ?W1,2 оценена как 350-550 см-1.,
т.е. k1,2 / k2,1 = exp(?W1,2/kT) варьируется от 5 до 15, т.е. в 3 раза.
2). Отношение k23 / k32 при диапазоне ?W23 в 120-240 эВ варьируется в
десятки и даже сотни раз (!!!). Сам автор дает оценку вариации k23 / k32 в
200 раз.

Где же точность в 10-20% ? Ведь на самом деле 300%-2000% !

2. В другом случае автор базируется на данных pump-probe. На стр 4 :
«....Величины пяти основных констант для РЦ из Rb. sphaeroides, относящихся
к переносам электрона между состояниями P870* ? P870+/B800- ? P870*/H760-
? P870+/QA- были заимствованы из обстоятельной работы [15]. В ней они были
определены наиболее точным методом глобального анализа динамики изменений
поглощения в пиках переносчиков в серии сдвинутых по времени спектров после
возбуждения препаратов РЦ фемтосекундными импульсами...».

Это тоже неверно!

В этих экспериментах видна лишь эффективная константа затухания сигнала
P870* (которая определяется суперпозицией искомых констант прямого и
обратного переноса). Для определения всех констант методом глобального
анализа требуется сделать предположения о глубинах залегания уровней 2 и 3,
т.е. результаты глобального анализа не позволяют определить велечины ?W12
и ?W23, а наоборот, сами зависят от их значений. Глобальный анализ не есть
прямой метод! Напротив, он сам базируется на некоторой кинетической модели
с фиксированными (достаточно произвольно) энергиями уровней. Только задав
энергии уровней (?W12 и ?W23), можно определить все константы из фиттинга
экспериментальной кинетики. Другая модель (с другими ?W12 и ?W23) тоже
позволит это сделать, но константы скоростей будут уже другими. В этом
смысле данные по замедленной люминесценции гораздо более надежны.



-----------------------
Адрес: Россия, 119049 Москва,
Мароновский пер., 26

Address: Russia, 119049 Moscow
Maronovskii Per. 26
Телефоны (Phones): 7-(495) 238-24-79
7-(495) 939-29-01
Факс (Fax): 7-(495) 238-24-79
Электронная почта (E-mail):
biochem@maik.ru
ozrina@bio.chem.msu.ru
http://protein.bio.msu.ru/biokhimiya