Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/StudentScience/themes_2007s/Potapova.doc Дата изменения: Thu Mar 1 17:22:26 2007 Дата индексирования: Tue Oct 2 12:22:25 2012 Кодировка: koi8-r

Задачи для студентов ФББ,
предложенные студенткой V курса Ладой Сычевой.

Тьютор: Татьяна Васильевна Потапова, д.б.н. в.н.с. отдела математических
методов в биологии НИИФХБ им. А.Н. Белозерского (к.213 корпуса «А», тел 55-
06). potapova@genebee.msu.ru/

Консультант: Лада Сычева.

Аннотация: предложенные задачи входят в программу теоретического и
экспериментального исследования регуляции поляризованного верхушечного
роста на примере динамики этого процесса у мицелиального гриба Neurospora
crassa в условиях дефицита глюкозы в среде.

Вариант 1. Литературный поиск.

1. Разобраться, какие метаболические пути специфически активируются при
дефиците глюкозы, какие гены и белки в этом участвуют. Биохимические
механизмы. Поиск в литературе.

Вариант 2. Литературный поиск + применение биоинформатических методов.

1. Разобраться, какие метаболические пути специфически активируются при
дефиците глюкозы, какие гены и белки в этом участвуют. Биохимические
механизмы. Поиск в литературе.
2. Вытащить из базы данных геном Neurospora crassa. Найти все гены,
которые могут иметь отношение к реализации метаболических путей,
специфически активирующихся при дефиците глюкозы (метаболические пути
мы уже нашли, см. пункт 1).
Указание: работа с базами данных (например, GenBank (NCBI)), поиск
можно делать также с помощью системы SRS.
3. Литературный поиск. Упомянуто ли в каких-нибудь экспериментальных
работах о том, что экспрессия этих генов запускается при появлении
дефицита глюкозы? На этом шаге появляются «хорошие» кандидаты, про
которых уже упоминалось в литературе как о глюкозо-зависимых, и
«плохие» кандидаты - все остальные, которые остались после отсева
«хороших» из большой группы генов, вытащенных из базы данных.
4. Сделать анализ «хороших» генов с помощью биоинформатических методов.
Посмотреть, входят ли они в какую-нибудь регуляторную систему -
образуют ли оперон - группу совместно-транскрибируемых генов, которые
экспрессируются при дефиците глюкозы? Каков возможный механизм
регуляции транскрипции этих генов глюкозой? Или другими регуляторами -
другими сахарами?

Вариант 3. Анализ белков с помощью биоинформатических методов.

1. Узнать из литературы, какие гены активируются в первую очередь при
смене источника питания. Велика вероятность, что это будут гены,
кодирующие «сенсорные белки» - белки, которые первыми активируются при
смене источника питания и запускают те метаболические пути, которые
используются для катаболизма нового источника питания.
2. Можно попробовать проанализировать эти белки по схеме, описанной
здесь:
http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_02/term_6/block_4/cr3_mod3.doc. Цель
этой задачи: постараться придумать некое распознающее правило (можно
даже просто на уровне гипотезы) для таких сенсорных белков, чтобы их
можно было искать в базе данных белков Neurospora, даже когда мы не
знаем о них никаких экспериментальных данных.