Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_03/doc/help_9.doc Дата изменения: Wed Mar 3 23:00:18 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 01:24:20 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к занятию 9


Подсказки


1. Простейший способ отображения архитектуры и топологии белка - TOPS
cartoons.

Правила отображения

Треугольник - это символ (-тяжа.
Кружок - это символ спирали ((-, 3/10-).
Прямая линия - символ полипептидной цепи, соединяющей 2 элемента вторичной
структуры.
Каждый элемент вторичной структуры имеет направление ( от N- к С-концу).
Если соединительная линия приходит в центр элемента со стороны (-
конца белка, то этот элемент
обращен к Вам (-концом. Аналогично, если соединительная линия
приходит в центр элемента со стороны
С-конца белка, то элемент обращен к Вам С-концом.
Кроме того, если (-тяж обращен к Вам С-концом, то он отображается
треугольником с вершиной,
направленной вверх, а если Вы смотрите на (-тяж с N-конца, то
рисуйте треугольник вершиной вниз.
В некоторых случаях имеет смысл для большей наглядности разделить пептидную
цепь на фрагменты,
соответствующие структурным доменам, и не рисовать соединения между
доменами..
Тогда следует пронумеровать концы доменов:
N1, С2 - первый домен,
N2, С3 - второй домен,
N3, С4- третий домен.

Бета-листы изображаются как ряд треугольников, а бета-сэндвичи -
как 2 параллельных ряда треугольников. Рядом стоящие треугольники
соответствуют бета- тяжам, связанным водородными связями.

Расположение символов спиралей менее формализовано, используйте
свое интуитивное представление о том, с какими элементами вторичной
структуры наиболее плотно контактирует данная спираль.

Примеры:

A. B.










-----------------------
[pic]