Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_03/doc/help_20.doc Дата изменения: Wed Mar 31 20:25:11 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 04:12:07 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к занятию 20

Подсказки


Построение матрицы переходов

Процесс построения матрицы: сначала заполняются верхняя дополнительная
строка и левый дополнительный столбец. После этого остальные ячейки
заполняются построчно.
При построении, в каждой ячейке указывайте сначала направление перехода, а
потом вес наилучшего пути, оканчивающегося в данной ячейке.

|? -5|? |
| |2 |
|? 3 |? |
| |6 |

Для рисования стрелок используйте:
. стрелка налево - Ctrl-A
. стрелка по диагонали - Ctrl-Q
. стрелка наверх - Ctrl-W

Работа с сервером pvm.belozersky.msu.ru по протоколу ftp для передачи и
получения файлов

В менеджере FAR нажмите Alt-F1и выберите FTP. Если в левой панели у вас нет
записи, которая отвечала бы серверу pvm.belozersky.msu.ru, то создайте
новую запись. Для этого Shift-F4 и заполните поля:
. поле для адреса: ftp://embnetN@pvm.belozersky.msu.ru, где N - номер
вашего компьютера
. поле для пароля: 12embnet
После создания записи войдите на pvm.belozersky.msu.ru и перейдите в нужную
директорию.

Работа с сервером pvm.belozersky.msu.ru по протоколу telnet для запуска
программ.

Зайдите на сервер pvm.belozersky.msu.ru, используя telnet или программу
PuTTY: логин - embnetN, где N - номер вашего компьютера, пароль -
12embnet. Просмотрите содержимое домашней директории. Создайте
поддиректорию с названием вашего личного логина (если такая директория еще
не существует) и перейдите в нее. Это будет ваша рабочая директория на
сервере pvm.belozersky.msu.ru.

Программы пакета EMBOSS для построения выравниваний

Глобальное выравнивание: программа needle
Основные параметры:
. -gapopen - штраф за открытие делеции
. -gapextend - штраф за продолжение делеции
. -datafile - матрица замен
. -outfile - файл с результатами

Пример запуска:
needle file1.txt file2.txt -gapopen 10 -gapextend 1 -datafile EBLOSUM62
-outfile needle1.txt

Локальное выравнивание: программа water
Параметры и запуск аналогичны программе глобального выравнивания needle

Локальное выравнивание: программа matcher
Параметры и запуск аналогичны программе глобального выравнивания needle, за
исключением:
. -gappenalty - штраф за открытие делеции (вместо -gapopen)
. -gaplength - штраф за продолжение делеции (вместо -gapextend)
. -alternatives - устанавливает количество альтернативных выравниваний для
вывода (дполонительный параметр)