Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_03/doc/help_14.doc Дата изменения: Wed Mar 3 23:00:21 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 04:11:59 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к занятию 14


Подсказки


К упр. ?1.
В файле P:/y03/TERM2/Practice14/SP_AC.doc найдите идентификатор
Вашего белка.
Откройте главную страницу Swiss-Prot: (http://www.expasy.org/sprot ).
Наверху страницы появится поле для введения запроса для поиска по БД
Swiss-Prot/Trembl.

К упр. ?2.
Вы получите документ в виде, приятном для пользователя - «NiceProt
View of Swiss-Prot:.».
Но для выполнения этого задания надо открыть в новом окне Internet
Explorer'a страничку
View entry in raw text format (no links).
Описание всех меток полей см. в файле
P:/y03/TERM2/Practice14/UniProt_format.doc.

К упр. ?3.
Для файлов с аминокислотными последовательностями создайте поддиректорию
Practice14/set1/.
В режиме NiceProt View of Swiss-Prot найдите гиперссылку «АС in FASTA
format», где АС -
аccession number Вашего белка. Текстовой файл сохраните под именем
ID.txt, где ID - имя Вашего документа.

К упр. ?4.
Откройте страничку для поиска по базе данных UniProt:
http://www.ebi.ac.uk/uniprot/database/knowledgebase.html
Поиск ведите по полям "Description" и "Taxonomy". Во второй
таблице файла table.doc. укажите
число найденных документов.



Содержание полей и их метки см. на след. стр.



























Содержание полей и их метки

|Code |Content |Description | |
|ID |Identification |Contains identifying |Уникальный идентификатор |
| | |information and |последовательности, часто |
| | |characteristics of the|содержащий биологически |
| | |sequence |осмысленную информацию, меняется |
| | | |от выпуска к выпуску БД |
|AC |Accession number(s)|Release-to-release |Уникальный идентификатор |
| | |stable identifiers |последовательности, не меняющийся |
| | | |от выпуска к выпуску БД |
|DT |Date |When the entry was | Дата создания записи и последней |
| | |created, or when the |модификации |
| | |sequence or annotation| |
| | |was modified | |
|DE |Description |The name of the | Название белка, часто указывающее|
| | |protein, often a |на его |
| | |function indicator |функцию |
|GN |Gene name(s) |The gene(s) that code | Имя гена (-ов), кодирующего белок|
| | |for the protein | |
|OS |Organism species |The organism from | Организм, в котором найден белок |
| | |which the sequence is | |
| | |derived | |
|OG |Organelle |If the sequence is | Если ген белка не находится в |
| | |non-chromosomal in |хромосоме |
| | |origin | |
|OC |Organism |The taxonomic class to| Полный таксономический адрес |
| |classification |which the organism |организма |
| | |belongs | |
|OX |Taxonomy |The NCBI TaxID for the| Идентификатор таксона |
| |cross-reference(s) |OC line | |
|RN |Reference number |The sequential number | Номер ссылки на научную |
| | |of the literature |публикацию |
| | |citation within the | |
| | |entry | |
|RP |Reference position |The type of data, and | Тип информации в данной ссылке и|
| | |the position in the |фрагмент последовательности, к |
| | |sequence to which the |которому она относится. |
| | |citation refers | |
|RC |Reference |Comments relevant to | Комментарии к цитируемой работе |
| |comment(s) |the reference cited | |
|RX |Reference |Bibliographic | Библиографические перекрестные |
| |cross-reference(s) |cross-reference, such |ссылки, |
| | |as PubMed ID |например, идентификатор PubMed |
|RA |Reference authors |Authors of the | Авторы публикации |
| | |citation | |
|RT |Reference title |Title of the citation | Название статьи |
|RL |Reference location |Source of the | Журнал, книга или устное |
| | |citation, such as |сообщение |
| | |journal, book, or | |
| | |unpublished data | |
|CC |Comments or notes |Free text notes about | Комментарии |
| | |the protein | |
|DR |Database |Pointers to sources or| Гиперссылки на соответствующие |
| |cross-references |related information |записи |
| | |for the entry |других БД |
|KW |Keywords |Indexable indicator of| Ключевые слова ( индексируемый |
| | |function, structure, | |
| | |or other information |предметный указатель) |
|FT |Feature table data |Annotation of specific| Описание особых позиций в |
| | |residues of the |последовательности, особенности |
| | |sequence |последовательности |
|SQ |Sequence header |Marks the beginning of| Метка начала последовательности |
| | |the sequence and |и некоторых ее |
| | |provides summary data |общих свойств |
|(blan|Sequence data |The sequence itself | Аминокислотная |
|ks) | | |последовательность |
|// |Termination line | | |

Дополнительно:

1. В поле комментариев указывается тема комментария
The format of a comment block is:
CC -!- TOPIC: First line of a comment block;
CC second and subsequent lines of a comment block.
2. В поле «Особенности последовательности» указывается тип свойства (Key
name):

FT Key name 'From' endpoint 'To'
endpoint