Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_03/doc/Shedule_1term.doc Дата изменения: Wed Mar 3 23:00:19 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:46:14 2012 Кодировка: koi8-r

Биоинформатика-1: объекты и инструменты

Расписание занятий 1-го курса

Семестр I (осень 2003)
Семинарские и практические занятия по средам для групп 101 и 102

Условное обозначение: ОИ (объект исследования) - некий биологический текст,
у каждого студента свой ОИ.

Блок 1: Первое знакомство с компьютером и биологическими текстами.

1. ( 3 сент) (2 час): Давайте познакомимся! (АБР)
Преподаватели знакомятся со
студентами, студенты - с преподавателями,
студенты - с «железом».
2. (10 сент) (2 час): Что такое белок с точки зрения биоинформатика?
(АБР +ПСН)
Преподаватели раздают
студентам названия ОИ . C помощью FAR manager
студенты из недр РС достают
некие тексты и делают первое научное открытие.
3. (17 сент) (2 час): Полезный инструмент - Excel. (АБР +ПСН)

Можно сделать универсальную
подсказку, чтобы запомнить свойства аминокислот,


а можно посчитать
молекулярный вес белка.

4. (24 сент) (2 час): Аминокислотный состав белка (зачетное задание)
(АБР +ПСН)
Демонстрируя умение работать с FAR
manager, Word, Excel и Outlook Express
студенты оформляют отчет о
своих исследованиях аминокислотного состава белка - ОИ.
Блок 2: Визуализация пространственных структур молекул.
5. ( 1 окт) (2 час): Полезный инструмент - ACD/ChemSketch (AВГ).
Студенты рисуют структурные
формулы аминокислот, а также некоторых других
полезных для дальнейших
исследований соединений, а затем рассматривают, как
выглядят молекулы.
6. ( 8 окт) (2 час): Опять Excel . Карта Рамачандрана (АБР +ПСН).
Кроме того, студенты
впервые увидят, как выглядят ОИ, и оценят их размеры.
7. (15 окт) (2 час): Полезный инструмент - RasMol (AВГ+АБР).
Изучая водородные связи и
расположение боковых радикалов с помощью RasMol'а
студенты знакомятся с основными
элементами вторичной структуры ОИ.
8. (22 окт) (2 час): Топология и архитектура ОИ (АБР).
С помощью стандартных средств
Word'а студенты пытаются изобразить простую
схему сложной пространственной
структуры.
9. (29 окт) (2 час): Опять RasMol. Контакты в молекуле белка (AВГ).
Придется не только определить, какой
атом с каким контактирует, но и выдвинуть
предположение о химической
природе контакта.
Внимание! Зачетное задание этого блока=пакет рисунков и
скриптов, созданных на занятиях ?? 5-9.
Блок 3: Интернет + HTML
10. ( 5 нояб) (2 час): Полезный инструмент - Интернет (АБР+АВГ)
С помощью разных поисковых систем
студенты пытаются узнать, что такое
Escherichia coli, и какую роль
в ее жизни играет белок - ОИ.
11. (19 нояб) (2 час): Полезный язык - HTML (АБР+АВГ)
Выполняя упражнения студенты
готовятся к выполнению зачетного задания.
12. (26 нояб) (2 час): Результаты исследования ОИ (зачетное задание)
(АБР+АВГ).
Студенты создают красивый и удобный
для просмотра HTML документ, где
представляют результаты всех
исследований, проведенных на занятиях ??2-11.
Блок 4: UNIX + EMBOSS
13. (3 дек) (2 час): Операционная система UNIX (АВГ)
Придется учиться работать с
командной строкой.
14. (10 дек) (2 час): Полезный инструмент - пакет EMBOSS . (AВГ+АБР).

Студенты получают имя нового ОИ -
ОИ2 и исследуют его свойства с помощью
пакета прикладных программ
EMBOSS. Работают в операционной системе UNIX .
15. (17 дек) (2 час): Сравнение ОИ и ОИ2 (зачетное задание)
(АБР+AВГ).
16. (24 дек) (?час): Краткое подведение итогов и сдача хвостов
(АБР+AВГ).