Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_02/science_1/otzyvy/onPolyakov.doc Дата изменения: Tue Nov 18 12:54:13 2003 Дата индексирования: Fri Dec 21 21:45:45 2007 Кодировка: koi8-r

Рецензия

на курсовую работу Полякова Н.М. - студента 2 курса факультета Биоинженерии
и биоинформатики Московского государственного университета им. М.В.
Ломоносова.

Курсовая работа Полякова Н.М. на тему «Анализ зоны контакта
рибосомального белка S7 эубактерий и 16S рРНК» принадлежит к чрезвычайно
интересной и динамичной развивающейся области молекулярной биологии -
структурной биологии. Фантастические успехи в области установления
третичных структур биополимеров ставят перед исследователями новые вопросы
- не только о статической структуре биополимера, но и о природе
взаимодействий в комплексах. В связи с растущей вычислительной мощностью
современных компьютеров данные о контактах можно моделировать
теоретическими расчетами в разумном интервале времени. Подходы к
моделированию взаимодействий типа белок-лиганд активно разрабатываются в
ведущих лабораториях мира. Публикации по данной тематике находят свое место
на страницах научных журналов с самым высоким уровнем цитируемости.
В первой части работы описаны анализ зоны контакта белка S7 с рРНК в
составе малой субчастицы рибосомы из T.thermophilus. Проведённые
выравнивания показывают высокую консервативность зоны контакта белка и РНК.

На основе этого утверждения исследователь предложил использовать
гомологичное моделирование для получения модели структуры белка S7 из
E.coli. Такой интерес именно к этому организму вполне понятен, именно для
E.coli существует обширнейшая база биохимических данных о структурных
взаимодействиях в рибосоме.
Студент провёл оптимизацию полученной им структуры белка S7 из
E.coli. Выяснилось, что полученная в конечном итоге модель хорошо
согласуется с биохимическими данными, что говорит о высоком уровне
проведенного моделирования.
Поляков Н.М. проявил себя как любознательный и заинтересованный
исследователь. Благодаря собственной инициативе Полякова Н.М. работа
приобрела ряд дополнительных результатов, которые позволили увидеть общую
картину под другим углом зрения. Мы надеемся на дальнейшее плодотворное
сотрудничество.
К сожалению, работа имеет некоторые недостатки. Было написано, что был
выбран пакет программ GROMACS, с помощью которого студент проводил
дальнейшие вычисления. Однако, нигде в работе не указанно, почему был
выбран именно этот пакет.
Указанные недостатки не влияют на научную ценность курсовой работы.
Абсолютно очевидно, что студент овладел самыми современными методами
оптимизации контактов и разбирается в научной литературе по данному
вопросу. Курсовая работа Полякова Н.М. заслуживает отличной оценки.

М.н.с, к.х.н. Головин А.В.