Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_02/science_1/themes_2004f/Sergiev.doc Дата изменения: Tue Dec 21 11:36:13 2004 Дата индексирования: Fri Dec 21 21:50:03 2007 Кодировка: koi8-r

Сергиев Петр Владимирович
Лаборатория Химии Нуклеопротеинов. Корпус А, к. 608, т. 5418.

Соотнесение данных ковариационного анализа первичных структур 23S рРНК с
пространственной структурой рибосомы.

Ковариационный анализ это метод моделирования вторичных структур РНК по
набору гомологичных последовательностей. В настоящий момент накоплена
большая база данных как по первичным структурам рибосомных РНК, так и по
вторичным структурам, полученным методом ковариационного анализа. Недавно
пространственные структуры рибосомных субчастиц из трех организмов были
определены методом рентгеноструктурного анализа с атомарным разрешением.
Таким образом, появилась возможность моделирования пространственных
структур рибосомных РНК по гомологии, также, как белков.

Задачи:

1. Сопоставляя последовательности рРНК из базы данных с пространственной
структурой рРНК модельных организмов, узнать все ли последовательности
совместимы со структурой. Если нет, то какие участки рРНК нельзя уложить в
сходную пространственную структуру?
2. Выяснить, какие нуклеотиды консервативны или варьируют ограниченно, но
при этом такое их поведение не может быть обусловлено пространственной
укладкой.
3. Предложить варианты пространственной структуры участков рРНК, не
соответствующих пространственной структуре рРНК модельных организмов.

Источники:

1. Ban N, Nissen P, Hansen J, Moore PB, Steitz TA. The complete atomic
structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution. Science.
2000. 289:905-20.

2. Harms J, Schluenzen F, Zarivach R, Bashan A, Gat S, Agmon I, Bartels H,
Franceschi F, Yonath A. High resolution structure of the large ribosomal
subunit from a mesophilic eubacterium. Cell. 2001. 107:679-88.

3. База данных по первичным и вторичным структурам рРНК, описание метода
ковариационного анализа. http://www.rna.icmb.utexas.edu/