Материалы к зачетному заданию по блоку 2

Используйте подсказки к занятиям 6-9.

Чем больше вы успеете к концу занятия, тем выше будет оценка. Но не надо торопиться за счет снижения качества!

Подсказки

1. Как получить последовательности открытых рамок? Для вырезания своего фрагмента используйте опцию -sask программы seqret. Для получения последовательностей трансляций открытых рамок используйте, как и в первом упражнении занятия 9, программу getorf. Если что-то забыли, запустите команду

    getorf -help
   

   и изучите, что означают значения, которые можно придавать параметрам find, table и minsize.

   Если вам приятнее не сразу задавать значения параметров в командной строке, а отвечать на вопросы программы, можно запустить getorf с опцией -opt, тогда программа сама спросит о значениях всех параметров (это касается всех программ пакета EMBOSS).
    

2. Про программы и опции пакета BLAST читайте в подсказках к заданию 8, тексте задания 9 и в "родном" help'е BLAST'а (здесь или в окне Putty, запустив blastall без параметров). Про то, как написать и запустить скрипт, кратко написано здесь.
    
3. Нарисовать схему генов можно и в каком-нибудь графическом редакторе или воспользовавшись "рисовалкой", встроенной в Word, но, как представляется, для отчета в HTML-формате проще и аккуратнее будет воспользоваться тегом <PRE> и "нарисовать" всю картинку из ASCI-символов.

   Кстати, если кто не знает, похожий эффект в Word'е достигается сменой шрифта абзаца, который хочется превратить в подобного рода "картинку", на шрифт постоянной ширины, например "Courier New".