Занятие 2. Поисковые системы

Ваша рабочая директория — H:\Term2\Practice2.

Обязательные задания

1. Найдите Ваш белок в банке SwissProt, пользуясь системами MRS (http://mrs.cmbi.ru.nl/mrs-web/), SRS (http://srs.ebi.ac.uk/) и поисковой машиной UniProt (http://www.uniprot.org/). Откройте в трех окнах соответствующую запись SwissProt в трех "дружественных" видах. Кратко опишите в протоколе впечатления от сравнения этих трех видов. Обращайте внимание, в частности, на то, как представлены "особенности" последовательности (поле FT).
    
2. В SRS найдите страницу с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt. Пользуйясь возможностями, предоставляемыми этой страницей, ответьте на вопросы (ответы внесите в протокол):
   • Названия каких таксонов начинаются на "gam"?
   • Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"?
   • Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий?
   
    
3. Пользуясь SRS, составьте несколько запросов к банку SwissProt, призванных найти белки гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с функцией Вашего белка. Заполните таблицу:

   Запросы

   Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов

   
    
4. Выберите один из вариантов запроса из предыдущего задания и сохраните найденные последовательности в fasta-формате (в файл с расширением "fasta").

  Если все обязательные задания сделаны, можете приступать к дополнительным заданиям.