Занятие 12. Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

Ваша рабочая директория — H:\Term2\Practice12, в ней храните все рабочие файлы.
Формат отчета — HTML-страничка со ссылкой со страницы второго семестра.
Срок — утро дня следующего занятия.

Опишите доменную структуру данного вам белка по данным Pfam.

Откройте главную страничку базы данных Pfam. По идентификатору UniProt своего белка найдите описание его доменной организации. В отчет вставьте табличку следующего вида:

Доменная структура белка XXXX_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
?	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов (по-русски! и желательно с кратким пояснением)	Положение в последовательности белка XXXX_BACSU	Клан
1.	PF00218	IGPS	Семейство доменов названо по названию фермента индол-3-глицерофосфатсинтетазы, фермента, катализирующего четвертый этап биосинтеза триптофана...	4–252	Клан TIM_barrel (CL0036), содержит 54 семейства, у пяти неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF)
2.

Опишите, как часто и в каких организмах встречаются домены заданного белка

Откройте страничку Pfam с доменной структурой заданного белка. Щелчок по изображению конкретного домена откроет страничку с его описанием. Запишите в отчет, в организмах скольких видов встречаются белки с каждым из доменов заданного белка. Выберите один из доменов (не рекомендуется брать домены, встречающиеся слишком часто или слишком редко) и откройте таксономическое дерево PFAM. По данным для выбранного домена заполните следующую табличку. В кратком резюме сделайте вывод о распространенности доменов.

Представленность домена PFxxxx в организмах разных видов

Таксон		Количество белков с доменом PFxxxxxx.
Эукариоты	Зеленые растения
	Грибы
	Животные
	Остальные эукариоты
Бактерии
Археи

Определите, в скольких разных белках Bacillus subtilis встречаются домены, представленные в заданном белке

Откройте страничку с таксономическом деревом Pfam для первого из доменов заданного белка. С помощью контекстного поиска (<Ctrl+F> в большинстве браузеров) найдите таксон. Поставьте перед названием таксона галочку и щелкните по кнопке View graphically в правом меню. Изучите открывшуюся страничку и занесите результаты в табличку, см. ниже. Повторите то же для каждого из доменов заданного белка. Ниже таблички приведите число белков с точно такой же доменной организацией, что и заданный белок. Сделайте краткий вывод о частоте доменов в белках изучаемой бактерии.

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

?	PFAM ID	Bacillus subtilis
1.

Приведите не менее трех примеров разных доменных перестроек

Для каждого из доменов заданного белка рассмотрите странички с вариантами доменной организации и подберите наиболее яркие примеры доменных перестроек. Для каждого примера в отчете приведите идентификатор PFAM и название домена, две картинки, иллюстрирующие перестройки, и краткое описание перестройки.


Пример:
Домен PF00532 (Peripla_BP_1) встречается в сочетании с разными доменами, причем бывает как на N-, так и на С-конце последовательности.
AGLR_RHIME:
B5YAI5_DICT6:


Чем нетривиальнее пример, тем лучше!! Обратите внимание на однодоменные и многодоменные варианты, на дупликации доменов, на разрывы в последовательности доменов и т.п.

Экспортируйте в формате msf выравнивание-затравку (seed) для N-концевого домена заданного белка. Прикрепите полученный файл к отчету

Сравните описание мотивов в разных БД.

Откройте главную страничку БД InterPro. По идентификатору UniProt вашего белка найдите описание всех подписей (signatures), интегрированных в InterPro, т.е. имеющих InterPro ID. Картинку с разметкой всех мотивов вставьте в отчет. В отчете ответьте на следующие вопросы.

1. Как называется самый короткий мотив? В какой БД он описан? Как называется тип распознающего правила?
2. Как называется самый длинный мотив? В какой БД он описан? Как называется тип распознающего правила?
3. Какие структурные подписи интегрированы в InterPro?
4. Отличаются ли границы структурных доменов от границ доменов Pfam?