Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_09/term2/help4.doc Дата изменения: Fri Mar 5 21:33:51 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 04:14:19 2012 Кодировка: koi8-r

Методические указания
1.
a. Скопируйте данный вам файл в директорию Practice4 и переименуйте
так: XXXXXXX_nuc.fasta (XXXXXXX - ваша фамилия латинскими
буквами)
i. В файле XXXXXXX_nuc.fasta создаете вторую копию данной
последовательности. Добавьте к ее идентификатору
"_mutated"
ii. В текстовом редакторе выполните требуемые мутации во второй
последовательности.

Внимание:

- замененные и вставленные нуклеотиды должны быть
представлены маленькими буквами!

- удаляемые нуклеотиды должны быть заменены точками в
мутированной последовательности

- при вставке нуклеотидов в мутированной последовательности
в соответствующем месте первой последовательности вставьте
точки
b.
i. Импортируйте файл XXXXXXX_nuc.fasta в программу Gendoc.
Инструкцию по Genedoc см.
http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term2/help4a_09.html
ii. Проверьте глазами правильность мутаций - число замен,
наличие двух делеций и одной вставки
iii. Сохраните файл в формате msf с именем XXXXXXX_nuc.msf
c. Скопируйте python-скрипт degap_and_translate.py в директорию
Practice4
i. Выполните его; команда
python degap_and_translate.py -f XXXXXXX_nuc.fasta -o
XXXXXXX_prot.fasta

Подсказку по параметрам можно получить так: python
degap_and_translate.py -h
ii. Импортируйте файл XXXXXXX_prot.fasta в Genedoc и
сохраните в msf формате с именем XXXXXXX_prot.msf
d. Для ручного выравнивания используйте возможности Genedoc.
Инструкцию по Genedoc см.
http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term2/help4a_09.html. Если
с виду совсем ничего общего у последовательностей белков нет,
нужно ли их выравнивать?????? (см. пункт f и критерии)
i. При выравнивании используйте то обстоятельство, что

в мутировавшей последовательности белка те остатки, у
которых нуклеотиды кодона не изменились, представлены
большими буквами;

остальные - маленькими.
ii. Стоп-кодон транслируется программой в символ "*"
e. Определить число консервативных, т.е. не изменившихся в
результате мутаций, аминокислотных остатков можно одним из
следующих способов:
i. Установить подходящую раскраску выравнивания и подсчитать
число окрашенных колонок.

Раскраска регулируется в меню Shade.

- Enable similarity groups отключить ; это значит не
считать сходные по свойствам остатки за один

- Shade to two levels включить; это значит использовать
только один цвет, кроме белого, для заливки
ii. Меню Report => Statistic Report. Появится такая
информация:

ytvA ytvA_mutated

ytvA 60 75%
0 78%
0 6%

ytvA_mutated 46 58
48 0
4 0
На диагонали - информация о каждой из последовательностей:
в первой - 60 остатков, во второй - 58

Под диагональю - информация о сходстве
последовательностей:

46 - число колонок, в которых остатки совпадают;

48 - число колонок, в которых остатки сходны по свойствам;
4 - число колонок, в которых стоит символ "-"
Над диагональю - то же, но в процентах
f. Если после всей этой работы вам не повезло, и критерии на ответ
не удовлетворены (на что я, по скверности характера, надеюсь) ,
то придется задуматься ( и даже заглянуть в таблицу
генетического кода (
http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/BasicData/GeneticCode.html
2. Поставив галочку против Enable similarity group вы можете окрасить
функционально консервативные позиции. При этом в последней строке,
называемой "consensus" , под такими позициями стоит цифра, кодирующая
номер группы сходных аминокислот.


Консервативные позиций, в кодоне которых произошла мутация, по
алгоритму, скрипта, в мутированной последовательности будут
представлены маленькими буквами!


3. Ответы удобно свести в табличку, примерно такую:

|Мутация CDS |Результат для аминокислотной последовательности |
| |(указать все возможные результаты) |
|Замена одного нуклеотида|1. Замена одного остатка на другой |
| |2. . |
| |3. . |
| |4. . |
|Делеция 1 нуклеотида | |
|Делеция 2х нуклеотидов | |
|Делеция 3х нуклеотидов | |
|Вставка 1го нуклеотида | |
|Вставка 2х нуклеотидов | |
|Вставка 3х нуклеотидов | |
|Делеция одного | |
|нуклеотида и, через | |
|несколько нуклеотидов, | |
|вставка одного | |
|нуклеотида | |
|[Другие варианты] | |