Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_09/term2/cw_plan.doc Дата изменения: Tue Mar 30 22:13:36 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 07:03:36 2012 Кодировка: koi8-r

Практикум 8. Контрольная работа (примерное задание)


Дана последовательность фрагмента неизвестного белка - файл в fasta-
формате.
Для тренировки используйте вот эту последовательность:
>Pep11
GGFKEYVQKVEEIAATPTGMLVFHNGINYDVPAIDKLKRLYFGKRFNFPKHKMIDTLVLGRLMYPNIKFSDMGAVK
AGRLPPKMMGRQSLEAWGYRLGEM

1) Найти белок с известной пространственной структурой, гомологичный
данному.
2) Построить локальное (вариант: локальное) выравнивание исходной
последовательности и последовательности найденного белка, пользуясь пакетом
EMBOSS на kodmo-count.
3) Запротоколировать результаты в таблице.
|Код данного белка (из файла) | |
|Длина последовательности | |
|PDB-код гомолога | |
|Uniprot ID (или AC) гомолога | |
|E-value находки | |
|Identity в процентах | |
|Positives в процентах | |
|Название, функция гомолога (перевод| |
|на русский язык ценится выше!) | |
|Длина выравнивания, построенного на| |
|kodomo-count | |
|Число и процент (от длины данной | |
|последовательности) консервативных | |
|позиций | |
|Число и процент (от длины данной | |
|последовательности) функционально | |
|консервативных позиций | |
|Число вставок/делеций | |
|Суммарное число позиций с символами| |
|гэпа | |
|Ваш вывод о гомологичности белков: | |
|да!, да?, нет? | |

4) Ответить на два вопроса. Примеры вопросов см. ниже.
- 10-й нуклеотид кодирующей последовательности длины 183 мутировал из
гуанина в аденин. Может ли продукт мутировавшей ДНК иметь длину 3?
- Разделите предлагаемые ниже мутации на две группы: более вероятные в
отношении закрепления в эволюции, менее вероятные. (i) замена тирозина на
фенилаланин; (ii) делеция остатка в альфа-спирали; (iii) вставка трех
остатков в петле между двумя бета-тяжами; (iv) замена аргинина на глицин.
- Приведите название какой-либо одной весовой матрицы.
- Приведите название алгоритма построения локального выравнивания.
- Почему числа на диагонали весовой матрицы отличаются?
Результат - в поддиректории CW директории Credit2:
1) PDB файл XXXXXXX.ent со структурой гомолога
2) Файл XXXXXXX.msf с выравниванием в формате msf
3) Файл XXXXXXX.doc (или docx) с таблицей и ответами на вопросы.
Словарь.
- Весовой матрицей называют матрицу весов замен аминокислотных остатков,
используемую в программах выравнивания.
- Стоп-кодоны: TAA, TAG, TGA - следует знать наизусть, как и "старт-кодон"
ATG (Met).
- Последним кодоном кодирующей последовательности принято считать стоп-
кодон.
- Продукт гена - результат успешной трансляции кодирующей
последовательности.