Подсказки к занятию 14

Поиск контактов (рекомендуемая последовательность действий)

• Получите изображение только тех аминокислотных остатков или лигандов, контакты которых Вы исследуете (команды restrict ?? и select ??).
• Представьте а.о. или лиганд в шарнирной модели (команды wireframe ???? и spacefill ????).
• Определите множество атомов белка на нужном вам расстоянии от исследуемого объекта(команда select within(.....)).
  Если вам нужны не все атомы, а какое-либо определенное множество (например, sidechain, oxygen), используйте логические операторы.
• Представьте выделенные атомы в виде маленьких шариков (spacefill 50) с раскраской по химическим элементам.
• Изучите полученную картинку. Выберите пример. Определите ?? а.о., контактирующих с лигандом или с выбранным а.о (щелчок по изображению атома приведет к появлению его имени в командном окне). Может оказаться, что использованный геометрический критерий слишком либеральный, и на заданном расстоянии находится слишком много атомов, тогда имеет смысл ужесточить критерий. На этом же этапе удобно проверить, получили ли вы желаемый результат или нечто совсем неожиданное.
• Теперь можно приступить к созданию нужного изображения.

Чтобы определить расстояние между атомами, необходимо выбрать Меню - Установки - Расстояние. После шелчка левой кнопкой мыши вначале по одному, а затем по другому атому в командном окне будут показаны имена атомов а также расстояние между ними в Å. К сожалению, в графическом окне RasMol отображается только последнее измерение, поэтому надо подумать, расстояние между какими атомами вы хотите показать в отчете.

При определении типа контакта будем использовать простейшие геометрические критерии.

• Полагаем, что реализуется гидрофобное взаимодействие, если расстояние между неполярными химическими группировками (например, между атомами С метильных групп или метиленовых звеньев) меньше 5.0 Å (или меньше 4.5 Å). Более веским аргументом является существование кластера из нескольких сближенных неполярных группировок из разных а.о.


• Полагаем, что есть водородная связь, если расстояние между донором и акцептором водорода не более, чем 3,5 Å. Атомы азота и кислорода могут быть как донорами, так и акцепторами:
  
  O-H... :N
  O-H... :O
  N-H... :N
  N-H... :O


• Полагаем, что возможно электростатическое взаимодействие, если расстояние между разноименно заряженными атомами не более 3,2 Å.


• Если не удается предположить природу контакта между атомами, а расстояние между ними очень близко к сумме их радиусов Ван-дер-Вааальса, будем считать, что имеет место крайне слабое ван-дер-ваальсово взаимодействие.