Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_09/term1/credit2_101.html
Дата изменения: Sun Nov 1 11:49:46 2009
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:01:32 2012
Кодировка: Windows-1251
Контрольное упражнение для группы 101
   

Контрольное задание для группы 101

   
В папке для зачетных упражнений создайте новую рабочую книгу, H:\Term1\Block2\Credits\Credit2.xls. Внимание! Имена директорий и имя файла должны в точности соответствовать заданным.

Аминокислотную последовательность для варианта ?1 можно найти в файле Р:\Term1\Credit2\var1.txtс, а для варианта 2 — в файле Р:\Term1\Credit2\var2.txt.

  1. Вариант 1
  2. Скопируйте аминокислотную последовательность в одну ячейку на лист "AAfreq" рабочей книги Credit2.xls.
    Превратите последовательность в столбик букв (см. упр.2 занятия 7).
    • Задание 1. Определить аминокислотный состав заданного белка.
      На листе "AAfreq" создайте еще одну таблицу, в первом столбике которой будут однобуквенные обозначения всех 20 аминокислот (скопируйте этот столбик из ваших рабочих данных), а во втором столбике — количества соответствующих аминокислотных остатков в заданной последовательности, вычисленные с помощью функции СЧЕТЕСЛИ (COUNTIF).
    • Задание 2. Определить средний суммарный электрический заряд молекулы заданного белка.
      Скопируйте таблицу с полученным в п.1 аминокислотным составом на лист "Charge" рабочей книги Credit2.xls.
      На основе данных этой таблицы определите заряд молекулы белка, см. подсказку ниже.
    • Задание 3. Определить молекулярную массу заданного белка.
      Скопируйте таблицу с полученным в п.1 аминокислотным составом на лист "MW" рабочей книги Credit2.xls.
      Молекулярные массы отдельных аминокислот см. в файле Р:\Term1\Credit2\AA_MW.txt.
      Добавьте к таблице третий столбик, в котором для каждой аминокислоты будет указана ее масса.
      Ниже напишите формулу для вычисления молекулярной массы белка. Полезно понимать, что белок - это не куча аминокислот...

  3. Вариант 2
  4. Скопируйте аминокислотную последовательность в одну ячейку на лист "MW" рабочей книги Credit2.xls.
    Превратите последовательность в столбик букв (см. упр.2 занятия 7).
    • Задание 1. Определить молекулярную массу заданного белка.
      Откройте файл с массами отдельных аминокислот (Р:\Term1\Credit2\AA_MW.txt). Поместите таблицу с массами на лист "АА_MW" рабочей книги Credit2.xls и замените полные названия аминокислот на однобуквенные.
      На листе "MW" с помощью функции ВПР (VLOOKUP) в ячейке справа от каждой буквы поставьте массу соответствующей аминокислоты. (см. подсказку ?3 к заданию 8).
      Ниже таблицы напишите формулу для вычисления молекулярной массы всего белка. Полезно понимать, что белок – это не куча аминокислот...
    • Задание 2. Определить средний суммарный электрический заряд молекулы заданного белка.
      Все вычисления представьте на листе "Charge" книги Credit2.xls.
      Создайте таблицу, в первом столбике которой напишите однобуквенные обозначения аминокислот, боковые группы которых заряжены при рН=7.0, см. подсказку ниже.
      Во втором столбике укажите заряд, а в третьем — количество аминокислотных остатков в заданной последовательности, вычисленное с помощью функции СЧЕТЕСЛИ (COUNTIF). Ниже напишите формулу для вычисления суммарного среднего заряда белка.
    • Задание 3. Определить распределение длин белков B. subtilis.
      • Создайте лист "prot_length". Перенесите на лист данные из файла P:/y09/Practice9/ Bsub_prot.xls, где для каждого белка этой бактерии указана длина аминокислотной последовательности, т.е. число аминокислотных остатков. Нужно построить гистограмму, отражающую распределение длин белков.
      • Впишите в столбце C диапазоны длин белков, то есть, введите числа от 100 до 2000 с интервалом 100.
      • Выберите Меню - Сервис - Анализ данных - Гистограмма (Menu - Tools - Data Analysis - Histogram).
      • В качестве Входного интервала (Input Range) укажите все ячейки с длинами белков, в качестве Интервала карманов (Bin Range) - диапазон длин белков. Выходной интервал (Output Range) должен включать два столбца и на две строки больше, чем интервал карманов. Обязательно поставьте галочку возле Вывод графика (Chart Output).
      • Отформатируйте гистограмму так, чтобы были указаны значения столбцов.

  5. Подсказка
  6. При рН=7.0 боковые группы аргинина и лизина имеют средний заряд, равный +1е, гистидина – +0.5е, а остатков аспарагиновой и глутаминовой кислот имеют средний заряд -1е, остальные аминокислотные остатки при рН=7.0 практически не заряжены.