Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_09/term4/task3.html
Дата изменения: Tue Feb 22 17:05:51 2011 Дата индексирования: Tue Oct 2 06:55:52 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Почему это нельзя сделать с деревьями, построенными методом максимальной экономии?
Почему это не имеет смысла делать с деревом, построенным методом UPGMA?
Воспользуйтесь программой retree пакета PHYLIP. Для этого:
Подсказка: необходимо добавить к файлу с невыровненными последовательностями белков фирмикут последовательность белка из кишечной палочки. Это удобнее всего сделать на kodomo командой
seqret sw:xxxx_ecoli stdout >> sequences.fasta(вместо "xxxx" надо подставить мнемонику функции белков, по которым вы строили деревья, а вместо "sequences.fasta" — имя файла с невыровненными последовательностями, заранее скопированного в рабочую директорию).
Затем надо построить выравнивание всех последовательностей, отредактировать имена (оставив только мнемонику видов) и результат подать на вход программе fprotpars. Полученное дерево лучше обработать программой retree, указав в качестве действия "select an Outgroup", а в качестве номера — тот, что программа retree присвоит листу ECOLI (смотрите внимательно на монитор!).
Вставьте в отчет изображение (можно вместе с листом ECOLI; но можно, прежде чем получать изображение дерева, отредактировать скобочную формулу вручную, убрав внешнюю группу). Опишите результат (по образцу предыдущего пункта).