Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term3/task12.html
Дата изменения: Tue Dec 1 16:41:40 2009
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:02:59 2012
Кодировка: Windows-1251

Task 12 (MEME)

Занятие 12.

Отчет должен появитья на вашем сайте к концу следующего занятия.

В таблице найдите против своей фамилии номер варианта. В директории P:\y08\Term_3\Block_4\PurR лежат файлы, содержащие последовательности ДНК E.coli, находящейся перед генами, регулируемыми белком PurR (пуриновым репрессором). Имя файла соответствует номеру варианта. Разные варианты различаются длиной последовательностей и количеством "лишних" последовательностей (не содержащих искомого сигнала).

Пользуясь сервером MEME, найдите общий мотив в предложенных последовательностях (предполагаемый сигнал, узнаваемый белком PurR).
Установите следующие параметры для MEME:
- распределение количества встреч каждого мотива:"Zero or one per sequence"
- максимальная и минимальная длина мотива: по 16 (ищем мотивы строго заданной длины)
- число различных мотивов: 1
В разделе "Optional" ничего не пишите.
После нажатия кнопки "Start search" можно сразу пройти по гиперссылке на страницу, на которой после окончания счета появятся гиперссылки на страницы с результатами.
Вам нужна гиперссылка "MEME output as HTML". На открывшейся странице вам нужны: LOGO (сохраните его в PNG-формате), табличка с координатами сайтов и их P-value (сразу под LOGO), матрица PSSM.
Отчет в html-формате должен включать:
- краткое описание процедуры (что делали, что получили)
- LOGO
- PSSM, приведенную к "человеческому виду". Это означает, что PSSM должна быть представлена в виде таблицы с обозначениями строк и столбцов (например, столбцы обозначены буквами A, C, G, T, а строки — номерами позиций мотива; можно и наоборот). Желателен дополнительный столбец (строка) с буквой, отвечающей множеству нуклеотидов, дающих положительный вклад в вес.
- таблицу найденных мотивов (имя последовательности, + или –, координата первого нуклеотида)
- исходные последовательности (в преформатированном виде, тэг <PRE>), в которых подчеркнуты (тэг <U>) найденные мотивы. Внимание! Если мотив найден на комплементарной последовательности (STRAND = –), то последовательность мотива, приведенная на странице MEME, будет тоже комплементарной участку исходной последовательности.
Сравните результаты с реальными сайтами узнавания PurR.
Добавьте к отчету пункт, в котором опишите, насколько хорошо MEME сработал в вашем случае: каковы чувствительность и специфичность, всегда ли координаты предсказанного сайта в точности указывают на реальный. При подсчете чувствительности и специфичности реальный сайт считайте предсказанным верно, если он пересекается с предсказанием по 8 или более нуклеотидам.
Напоминание: чувствительностью называется отношение числа правильных предсказаний к числу реальных сайтов, специфичностью — отношение числа правильных предсказаний к общему числу предсказаний (правильных и неправильных).