Занятие 1. Банк UniProt

Ваша рабочая директория — H:\Term2\Practice1; протокол можно вести в форматах doc или html.

Обязательные задания

1. Извлеките из банка UniProt документ, содержащий информацию о Вашем белке (см. указания).
2. Внимательно изучите полученный документ и заполните таблицу:

   	Метка поля	Содержание
   Код(ы) доступа ("Accession number")
   Идентификатор записи в БД
   Название (краткое описание) белка
   Дата создания документа
   Дата последнего исправления аннотации
   Число публикаций, использованных при создании документа
   Журнал и год самой поздней публикации
   Ключевые слова
   Что содержит поле комментариев?		Не копируйте, а перечислите все темы по русски!
   Идентификаторы записей PDB

    

3. Ответьте на (хотя бы) один из вопросов, которые указаны против Вашей фамилии в файле stud_voprosy.xls.
4. Пользуясь поиском на сайте UniProt, определите, сколько записей в UniProt описывает белки примерно с тем же описанием (DE), что и Ваш белок (см. указания), результаты приведите в виде таблицы:

   Запрос	Число записей в SwissProt	Число записей в TrEMBL

5. Просмотрите список записей UniProt, содержащих информацию о тех белках, чье описание близко описанию вашего белка (см. задание 4). Выберите один белок (по возможности с наиболее похожим описанием, но из другого организма) и получите полный текст соответствующей записи. Заполните следующую таблицу, в левую колонку внеся сведения о вашем белке, а в правую — о выбранном Вами белке.

   	Метка поля	Белок 1	Белок 2
   Первый код доступа
   Идентификатор последовательности в БД
   Название (краткое описание) белка
   Дата создания документа
   Дата последнего исправления аннотации
   Название организма
   Классификация организма (список таксонов)
   Длина последовательности
   Молекулярная масса белка
   Число публикаций, использованных при создании документа
   Журнал и год самой поздней публикации
   Описание вторичной структуры Укажите, есть ли такое описание, и в чем оно состоит.
   Ключевые слова
   Темы, освещенные в комментариях
   Особенности последовательности Не копируйте, а перечислите, какие особенности отражены в документе!
   Идентификаторы записей PDB

     Опишите свои впечатления от сравнения двух записей.
    

  Если все обязательные задания сделаны, можете приступать к дополнительным заданиям.