Занятие 7. Биологический смысл выравнивания последовательностей белков.

Ваша рабочая директория — H:\Term2\Practice7, в ней храните все рабочие файлы.
Формат отчета — HTML-страничка со ссылкой со страницы второго семестра.

Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков

Найдите в таблице свой номер варианта и скопируйте в свою рабочую директорию содержимое директории P:\y08\Term_2\Block3\n, где n — Ваш номер.

Вам дано пространственное наложение структур двух белков (или частей белков), а также последовательности этих белков в fasta формате. В GeneDoc постройте выравнивание аминокислотных последовательностей, соответствующее данному пространственному наложению структур.

В отчет вставьте: 1) картинку из RasMol с наложением структур (остовная модель, каждая "цепь" — своим цветом, CA-атомы — шариками небольшого размера); 2) картинку из GeneDoc с выравниванием; 3) ссылку на файл в формате msf, сохраненный из GeneDoc.
 

Постройте выравнивание этих же последовательностей программой needle и сравните свое выравнивание с автоматически полученным. Оцените качество работы автоматического выравнивания в данном случае.

В отчет вставьте автоматически полученное выравнивание (так же, как для ручного: картинку и ссылку на msf) и небольшой, но связный текст, описывающий результаты сравнения двух выравниваний.