Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term1/pr_13/help13.html
Дата изменения: Thu Nov 27 20:55:21 2008 Дата индексирования: Tue Jan 13 19:28:48 2009 Кодировка: Windows-1251 |
Выделив множество близких к лиганду атомов белка командой
select within(5.0, xxx) and protein(где вместо xxx надо подставить множество атомов лиганда), выполните команду
save h:\term1\practices\pr_13\nei.pdbзатем откройте файл NEI.PDB редактором и выпишите номера остатков.
Для создания выразительного изображения контакта остатка с лигандом удобно воспользоваться командой restrict.
Второе задание не должно вызвать затруднений.
define name setгде вместо name надо подставить какое-нибудь слово, не входящее в список предопределенных множеств, а вместо set - какое-нибудь выражение, задающее множество. Например, команда
define myset 17-41:Aприсваивает множеству всех атомов остатков с 17 по 41 цепи A имя "myset". Если после выполнения такой команды выполнить команду:
select mysetто выделенным станет это множество, а, например, последовательность команд:
restrict myset and oxygen cpk 300 color greenоставит в графическом окне только атомы кислорода из данных остатков в виде больших зеленых шариков. Кстати, нужные Вам химические элементы именуются oxygen, nitrogen, carbon, sulphur; атомы основной цепи - backbone.
Если команды define записаны в скрипт, то правильно вставить в тот же скрипт также и описания определяемых множеств после команды echo, чтобы, запустив скрипт, можно было увидеть в командном окне новые названия для множеств.