Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term5/task13.html
Дата изменения: Thu Dec 2 20:48:23 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:04:29 2012
Кодировка: Windows-1251
Task 13 (SCOP&CATH)

Занятие 13.

Отчет по заданию должен появиться к понедельнику, 13 декабря.
  1.  Определите классификацию доменов вашей записи PDB согласно SCOP. Для каждого домена приведите следующие сведения: Указание. Если в вашей структуре более трех доменов, достаточно описать три любых. Если в вашей структуре всего один домен, дополнительно опишите два домена из другой структуры или структур (поищите среди PDB-записей, выданных предыдущему и следующему курсам).

     

  2.  Для тех же цепей белка, для которых вы описали классификацию SCOP, определите классификацию доменов согласно CATH. Для каждого домена приведите следующие сведения:  
  3.   Постарайтесь описать различия между CATH и SCOP в описании ваших доменов (если различий нет, то убедитесь в этом и укажите в отчете).

    Например, если домены выделены по-разному, то как именно соотносятся два способа выделения доменов? Если какому-то домену SCOP более или менее однозначно отвечает домен CATH, то сравните их классификации. В частности, существует ли домен, который относится к тому же суперсемейству (или укладке) в SCOP, но не входит в то же суперсемейство (топологию) CATH (или наоборот)? Если да, то попытайтесь разобраться, почему.

     

  4.  (повторение пройденного) Создайте выравнивание каких-нибудь двух доменов (не тех же самых, что в упражнении 2 занятия 11!) с одной укладкой по SCOP (или топологией по CATH), но из разных суперсемейств. Приведите картинку с совмещением и изложите свои впечатления.