Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term5/task11.html
Дата изменения: Fri Nov 19 16:50:40 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:04:26 2012
Кодировка: Windows-1251
Task 11, term 5

Занятие 11.

Отчет по заданию должен появиться к понедельнику, 29 ноября. Для всех заданий приводите картинку совмещенных структур в остовной модели (каждая структура – своим цветом); а также полученное при совмещении значение RMSD.
  1.  Постройте в PyMOL командой align три совмещения следующих структур: цепи A из записи 1HY0 и цепи A из записи 1I0A. Совмещения сделайте по каждому из доменов согласно CATH. Кратко опишите, что видно на полученных изображениях.
     
  2.  Постройте программой PDBeFOLD (она же SSM) структурное выравнивание цепи A из 1AKH и цепи A из 1W0T. По данному выравниванию с помощью сервиса Geometrical core найдите геометрическое ядро с порогом 2 Å. Совместите в PyMOL командой pair_fit структуры по CA-атомам, входящим в геометрическое ядро. Сравните с результатом команды align на полных цепях. В качестве дополнительного задания: сравните с результатом экспериментальной команды super.
См. указания