Help to practice 11 (Structural alignment)

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term5/help11.html
Дата изменения: Fri Nov 19 12:24:54 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:04:21 2012
Кодировка: Windows-1251

Материалы к практикуму 11

Синтаксис команды align предельно прост:

 align sel1, sel2

где sel1 и sel2 – два выделения (или объекта). Команда сначала делает выравнивание последовательностей, а затем улучшает его, используя структуры. Не забывайте записывать полученное значение RMSD (которое в PyMOL почему-то называется "rms").

С программой PDBeFOLD трудностей возникнуть также не должно. Выравнивание последовательностей, полученное по структурному выравниванию, скачивается нажатием кнопки "Download aligned sequences (FASTA format)", перед этим нужно отметить checkbox в таблице. Прежде чем подать выравнивание на вход программе "Geometrical core", измените названия последовательностей в соответствии с требованиями этого сервиса.

Команде pair_fit на вход подаются два строго одинаковых множества атомов (не остатков!), например:

 pair_fit obj1 and resi 18-23 and name ca, obj2 and resi 19-14 and name ca