Не забывайте, что в упражнениях 1–3
пользоваться надо не PDB-записью, а биологической единицей!
Как изобразить поверхность контакта
Для изображения части поверхности объекта, приходящейся на данное множество,
в PyMOL используется команда show surface, <множество>.
Проблема с поверхностью контакта двух частей объекта заключается в том,
что эта поверхность не входит в поверхность объекта в целом и упомянутая
команда ее не покажет.
Поэтому надо действовать так: 1) создать командой create
новый объект, включающий обе контактирующие части;
2) командой select с помощью оператора around
определить зону контакта на одной из частей; 3) командой remove удалить
из объекта другую часть; 4) командой show surface изобразить
поверхность зоны контакта.
Для красоты командой
set transparency, 0.5
можно сделать поверхность полупрозрачной. Можно также попробовать команду
set surface_quality, 1
(или даже 2 вместо 1).
Как пользоваться сервисами PROTORP и CluD
В обоих случаях придется загрузить собственный файл (Option 3 в PROTORP).
Сервис PROTORP не должен вызвать затруднений;
в качестве гидрофобной части интерфейса возьмите
долю площади, приходящейся на неполярные атомы.
В сервисе CluD выберите "Search clusters between chains"
и укажите идентификаторы цепей. На страничке с результатом файл с расширением txt
представляет собой таблицу атомов из гидрофобных кластеров.
Далее, используя Excel (или Python или Perl ...), можно создать из этой таблицы
скрипт для PyMOL, окрашивающий каждый атом гидрофобного кластера
в нужный цвет. Напоминание: скрипт, содержащийся в файле script.pml,
запускается командой
@script.pml
Разумеется, для сервиса pDomains биологическая единица не нужна,
достаточно ввести PDB-код и индентификатор цепи в записи PDB.