Каждая бутстрэп-реплика получается в результате случайного удаления половины столбцов из выравнивания с заменой их копиями других (тоже случайно выбранных) столбцов.
Смысл в том, чтобы построить дерево по половине данных и затем сравнить результаты от по разному выбранных половин.