создаем из входного выравнивания 100 ?бутстрэп-реплик?;
для каждой из реплик строим по дереву;
из 100 деревьев строим дерево по методу большинства (?majority-rule tree?).
Помимо того, что (как правило) возрастает качество реконструкции, есть возможность оценить достоверность каждой ветви по т.н. ?бутстрэп-поддержке?, то есть проценту деревьев, в которых встретилась данная ветвь.