Все методы, кроме бережливости, допускают предположение о молекулярных часах (но чаще используются без этого предположения!).
Методы MP и ML ? символьно-ориентированные, LS, FM и многие другие принимают на вход матрицу расстояний.
Notes:
Критерий качества дерева в методе MP ? минимальное число мутаций, необходимое, чтобы получить данные последовательности по данному дереву.
ML использует вероятностную модель, чтобы оценить вероятность появления данных последовательностей. То дерево, для которого эта вероятность наибольшая, и есть максимально правдоподобное дерево.
Метод наименьших квадратов минимизирует сумму квадратов разностей между расстояниями, поданными на вход, и расстояниями по дереву. Метод Фитча ? Марголиаша минимизирует сумму квадратов относительных разностей (a?b/a)