Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_07/term2/task12.html
Дата изменения: Fri Apr 25 14:06:37 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:02:21 2012
Кодировка: Windows-1251
Term2/task12(Pfam, InterPro), 2007

Самый простой способ создать отчет в формате HTML —
это скопировать страничку задания, а затем ее отредактировать!

Занятие 12. Семейства доменов

Упражнение 1. Используя ресурсы БД Pfam опишите доменную организацию заданного белка.

Внимание! Рассматриваем домены только из PfamA.

Шаблон отчета

Доменная организация белка xxxx_Ecoli

  • Картинка со схематическим изображением доменной структуры xxxx_Ecoli
  • Картинка с доменами, отмеченными на пространственной структуре xxxx_Ecoli, см. подсказки;
  • Табличка с названием "Домены в последовательности xxxx_Ecoli
    Идентификатор Pfam
    Название записи
    Полное название домена
    Положение в последовательности хххх_Ecoli
    PF00218
    IGPS
    Индол-3-глицерофосфатсинтетаза
    4-252
     
     
     
     

Описание N-концевого домена белка xxxx_Ecoli

  • Краткая характеристика домена PFxxx(перескажите своими словами, но близко к тексту)
  • Табличка с названием "Организмы, в которых найдены белки с доменами PFxxx "
    Таксон
    Количество белков с доменом PFxxx
    Эукариоты Растения  
    Грибы  
    Животные  
    Бактерии    
    Археи    
  • Краткие ответы на следующие вопросы:
    • сколько всего известно белков с доменами PFxxx?
    • что бывает чаще: домен PFxxx — единственный домен в белке, или же этот домен обычно встречается в белках в сочетании с другими доменами?
    • известны ли случаи дупликации домена PFxxx?
    • известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PFxxx?

Упражнение 2. Мотивы в аминокислотной последовательности xxxx_Ecoli по данным БД InterPro

Структурные мотивы не рассматриваем!!

Шаблон отчета

  • Картинка с изображением всех подписей в Вашем белке, см. подсказки.
  • Табличка "Мотивы в белке xxxx_Ecoli по данным БД InterPro"
    Название подписи
    Положение в последовательности Хххх_Ecoli
    Полное название базы данных
    * Название организации, поддерживающей данную БД.
    * Город и страна
    NUCLEAR_REC_DBD_1
    25-105
    PROSITE
    Swiss Institute of Bioinformatics
    Швейцария, Женева
             

Подсказки

К упр.1, п.1. На главной страничке нажмите кнопку "Search" в главном меню вверху, затем слева в поле "Jump to..." введите идентификатор последовательности

К упр.1, п2. На страничке с описанием конкретного домена в правом фрейме выберите идентификатор заданного Вам файла PDB и нажмите кнопку . Щелкните по картинке, она может быть увеличена. Обратите внимание на то, как отмечены домены! Укажите способ раскраски в подписи к картинке.

Для того, чтобы определить, в каких организмах встречается данный домен, нажмите кнопку "Species", но ограничьтесь таксонами второго уровня

К упр.2. На главной страничке вверху есть окошко"Search InterPro:", в него надо ввести идентификатор белка.
Картинку, на которой будут отмечены все мотивы сразу, можно собрать с помощью Paint.