|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_07/term2/help5.html
Дата изменения: Fri Mar 7 18:54:28 2008 Дата индексирования: Tue Oct 2 06:36:19 2012 Кодировка: Windows-1251 |
| pwd | сообщает полное имя текущей директории |
| ls | показывает содержимое текущей директории |
| cp <имя файла 1> <имя файла 2> | копирует файл 1 в файл 2 |
| mv <имя файла 1> <имя файла 2> | переименовывает файл |
| mv <имя файла> <имя поддиректории> | перемещает файл в поддиректорию |
| rm <имя файла> | уничтожает файл |
| mkdir <имя поддиректории> | создает поддиректорию |
| cd <имя поддиректории> | переход в поддиректорию |
| cd .. | выход из поддиректории (переход в родительскую директорию) |
| more <имя файла> | просмотр содержимого файла (клавишами "пробел" и "Enter") |
| man <команда> | выдает подробную информацию о команде |
| <Ctrl+C> | экстренное прерывание выполняемой программы |
| seqret | принимает на вход последовательность и кладет ее в файл (по умолчанию — в fasta-формате) |
Примеры:
seqret sw:p41407 p41407.fastaв файле "p41407.fasta" окажется последовательность белка или белков, имеющих в Swiss-Prot номер доступа P41407. seqret sw:p41407 -autoто же, но программа сама придумает имя для файла |
|
| entret | извлекает из банка заданную запись и полностью помещает ее в файл |
Пример:
entret sw:p41407 p41407.swв файле "p41407.sw" окажется полная запись банка Swiss-Prot, имеющая код доступа P41407 (несколько полных записей, разделенных "//", если этот код соответствует нескольким записям). |
|
| needle | Полное парное выравнивание (алгоритм Нидельмана – Вунша) |
| water | Частичное парное выравнивание (алгоритм Смита – Уотерманна) |
| matcher | Частичное парное выравнивание с возможностью выдачи нескольких вариантов |
Пример:
needle sw:p41407 sw:p43013 p41407-p43013.needle -autoв файле "p41407-p43013.needle" окажется полное выравнивание последовательностей белков из соответствующих записей Swiss-Prot. |
|
| Если опустить "-auto", программа спросит о параметрах для штрафов за гэпы. Вместо ссылок на банки можно ставить имена файлов. | |
| wossname | справка по командам EMBOSS |
Примеры:
wossname alignmentна экран будет выдан список программ EMBOSS, в описаниях которых встретилось слово "alignment". wossname -auto | moreна экран будет выдаваться список всех программ EMBOSS, который можно листать нажатием клавиши "пробел". |
|
| tfm | подробное описание программы из пакета EMBOSS |
Пример:
tfm needle | |
needle -help