Контрольная по блоку 3

Заведите в директории Term1 поддиректорию test_rasmol – она будет Вашей рабочей директорией. К концу занятия в ней должны оказаться файлы, содержащие результаты выполнения работы. Заведите файл отчета report.doc, в который вносите ответы на вопросы.

Задания

1. Скопируйте в свою рабочую директорию из архива P:\y07\Term1\1HGB.ZIP файл pdb1hgb.ent. Откройте его редактором и внесите в отчет следующую информацию:

   1. название белка;

   2. сколько цепей белка представлено и какими буквами они обозначены;

   3. какие лиганды представлены в структуре.

2. Откройте файл программой RasMol. Оставьте в графическом окне изображение одной (любой) молекулы лиганда. Внесите в отчет команды, которые для этого понадобились.

3. Составьте скрипт, в котором определяется множество всех атомов белка, образующих водородную связь с атомами выбранной молекулы лиганда. Укажите в отчете имя файла со скриптом и как названо множество.

4. Составьте скрипт, в котором определяется множество всех атомов белка, гидрофобно взаимодействующих с атомами выбранной молекулы лиганда. Укажите в отчете имя файла со скриптом и как названо множество.

5. Приведите в отчете списки остатков: а) чьи атомы образуют водородную связь с выбранной молекулой лиганда; б) чьи атомы гидрофобно взаимодействуют с выбранной молекулой лиганда.

6. Создайте графический файл в формате GIF, демонстрирующий в шарнирной модели взаимное расположение одной молекулы лиганда и одного (любого) остатка белка, чей атом (атомы) взаимодействует с лигандом. В остатке Cα-атом должен быть подписан типом и номером остатка (например, «Arg47:A»), один из взаимодействующих с лигандом атомов – своим именем (например, «NH1»). В отчет внесите: имя созданного графического файла, какой атом взаимодействует, тип взаимодействия (водородная связь или гидрофобное взаимодействие).

Указания-напоминания

1. Название белка см. (в данном случае) в поле COMPND, информацию о цепях можно почерпнуть из полей SEQRES или ATOM; информацию о лигандах – из полей HET и HETATM.

2. Изображение всех лигандов можно оставить командой «restrict not protein»; сообразите, как оставить из четырех молекул одну.

3. Водородной связью будем считать пару атомов (один из лиганда, другой – из белка), таких, что: а) оба они представляют кислород или азот; б) расстояние между ними менее 3,7 Å. В скрипте удобно сначала определить два вспомогательных множества: 1) атомы кислорода и азота белка и 2) атомы кислорода и азота выбранной молекулы лиганда; затем уже, пользуясь введенными определениями, составить определение нужного множества. Названия элементов: кислород – oxygen, азот – nitrogen.

4. Гидрофобным взаимодействием будем считать пару атомов (один из лиганда, другой – из белка), таких, что: а) оба они представляют углерод или серу; б) расстояние между ними менее 5,4 Å. Названия элементов: углерод – carbon, сера – sulfur.

5. Чтобы получить список атомов, выполните скрипт с определением соответствующего множества, выделите это множество и сохраните его в виде файла в PDB-формате; затем откройте полученный файл редактором.

6. Чтобы создать правильные надписи, пользуйтесь help'ом программы RasMol: User Manual → Command Reference → label. Желательно придумать графическую модель, наиболее наглядно демонстрирующую взаимодействие остатка с лигандом.