Занятие 8. Метаболические пути. KEGG.

Поиск сведений о субстрате и продукте в KEGG.

Откройте страницу оглавления KEGG. Найдите ссылку на базу данных химических соединений (KEGG LIGAND). Проведите поиск по названиям веществ. Напоминание: поиск надо проводить по английским названиям!

В отчете следует привести следующие сведения о субстрате и продукте:

• названия на русском и английском языках
• идентификаторы для веществ (идентификатор начинается с "С", например, у рибозы идентификатор: C00121)
• структурные формулы веществ



Поиск метаболического пути.

Вернитесь на страницу оглавления KEGG и пройдите по ссылке для раскрашивания объектов на метаболических картах (Color objects in pathways). В поле запроса введите найденные идентификаторы соединений. Укажите, что хотите раскрасить субстрат красным, а продукт - зеленым.

Образцы текста для раскрашивания объектов заданными цветами приведены справа от поля запроса.

После ввода запроса на экране появится список карт. Откройте ту, где есть оба идентификатора. Убедитесь в том, что оба вещества раскращены. Попробуйте найти путь от субстрата к продукту. Будьте внимательны! Все реакции должны идти в направлении от субстрата к продукту или быть обратимыми - следите за направлением стрелок! Если возможно несколько путей - выбирайте кратчайший!

Если Вы нашли подходящую цепочку реакций - раскрасьте участвующие в ней ферменты желтым (см. образец справа от формы запроса). При этом должна остаться раскраска субстрата и продукта.

В отчет нужно внести следующее:

• текст запроса для раскрашивания субстрата, продукта и ферментов.
• название карты пути, где была обнаружена цепочка реакций для превращения субстрата в продукт.
• картинку (часть рисунка, а не всю карту) с раскраской; картинка должна быть в формате GIF или JPEG.



Описание последовательности реакций.

Опишите выбранную Вами последовательность реакций. Укажите общее число этапов превращения субстрата в продукт. Затем переведите карту в режим "Reference pathway (Reaction)" и опишите каждый этап в таблице, образец которой приводится ниже. Если общее число этапов больше трех, можете ограничиться первыми тремя.

Таблица 1. Возможных путь превращения (русское название) в (русское название) по данным метаболической карты (русское название).



Этап	Ферментативная реакция	EC number	R number
1	alpha-D-Ribose 1-phosphate <=> D-Ribose 5-phosphate	EC 5.4.2.2	R01057
2
3


Заполненная таблица приводится в отчете.


Исследование метаболического пути в других организмах

Определите, возможна ли выбранная цепочка реакций в других организмах, перечисленных в таблице ниже. Для этого переведите карту в режим, соответствующий выбранному организму.

Таблица 2. Возможность пути превращения (русское название) в (русское название) в различных организмах с известными полными геномами.



Организм	Возможна ли цепочка реакций (да/нет/неизвестно)	Обоснование
Escherichia coli
Haemophilus influenzae Rd KW20
Methanococcus janaschii
Arabidopsis thaliana
Homo sapiens
Примеры:
Methanococcus janaschii	да	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
Homo sapiens	нет	неизвестен ген фермента, катализирующего 49 стадию (EC 13.49.140.119)
Arabidopsis thaliana	нет	из 186 необходимых ферментов найдены гены только для одного


Заполненная таблица приводится в отчете.