| |
|
|
-
Сравнение разных записей в EMBL
Зайдите на kodomo-count, перейдите в поддиректорию Practice2 и получите файл
с записью SwissProt, выполнив
entret sw:X00000 -auto
где X00000 — AC или ID вашего белка. В записи SwissProt найдите поле
DR, в нем среди прочего содержится информация о соответствующих записях EMBL
(AC записи — непосредственно после названия банка).
Войдите в систему поиска SRS
(http://srs.ebi.ac.uk/).
На страничке "Library page" выберите поиск по БД EMBL.
Поиск ведите по полю "Accession number", пользуясь логическим оператором "ИЛИ".
Создайте один запрос, позволяющий сразу получить всю нужную информацию и только
ее.
Для этого в окошке "Choose 1 or more fields"
(с помощью мыши и клавиши <Ctrl>)
выберите поля:
ID, Molecule, Data class, Division, Sequence Length, Entry Creation Date.
Description.
Сохраните результаты поиска в виде таблицы.
Узнать смысл сокращенного названия раздела и класса данных можно в описании
банка EMBL:
http://www.ebi.ac.uk/embl/
→ user manual
-
Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях
EMBL
Чтобы получить файл с записью EMBL, выполните
entret embl:A0000000 -auto
(где A0000000 — опять-таки или AC, или ID). Получение записи EMBL может
занять несколько секунд. Ищите информацию о своем белке в поле FT, ключ CDS
(если запись большая, имеет смысл запустить автоматический поиск по AC белка).
Описание терминов в таблице особенностей (и ключей, и спецификаторов) можно
посмотреть здесь:
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/.
Чтобы извлечь из файла X.entret какой-либо участок последовательности, надо
выполнить команду
seqret X.entret -sask
Благодаря опции -sask Вам будут заданы три вопроса: с какого нуклеотида начинать,
на каком заканчивать и нужно ли заменять последовательность комплементарной.
Ответьте на вопросы правильно, сверяясь с информацией из заполненной Вами
таблицы "Последовательности, кодирующие белок".
Четвертым будет задан вопрос об имени выходного файла; рекомендуется назвать
файлы XXX_gene1.fasta и XXX_gene2.fasta, где XXX — краткое название вашего
белка.
Чтобы сравнить последовательности, воспользуйтесь программой needle:
needle gene1.fasta gene2.fasta gene1-gene2.needle -auto
(подставьте нужные имена файлов). Если в получившемся файле значение Identity сильно
отличается от 100%, значит Вы что-то сделали неправильно.
Определить, синонимична ли замена, можно, например, сверяясь с
генетическим
кодом.
|
|