Занятие 11. PSI-BLAST

Ваша рабочая директория — H:\Term2\Practice11 - отчет о выполнении заданий должен содержаться в этой директории.

Заготовка для отчета - в файле P:\y06\Term2\Block3\PSI-report.doc

Адрес web-интерфейса к BLAST на сервере NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/, далее в разделе Basic BLAST переходите по гиперссылке "protein BLAST". На странице запроса в разделе "Program Selection" отметьте PSI-BLAST. В разделе Choose Search Set выберите Swissprot.

В таблице найдите против своей фамилии AC, внесите его в нужное окошко и нажмите "BLAST".

Вам предлагается запустить 3 итерации PSI-BLAST (все - при параметрах по умолчанию) и проследить, что происходит со списком находок.

Первая таблица отчета должна быть заполнена общей информацией об итерациях PSI-BLAST, вторая - информацией о том, что происходит со значениями E-value для конкретных записей Swiss-Prot при итерациях. Те записи, за характеристиками которых как находок вам предлагается следить, следующие: 1) тот белок, что был подан на вход; 2) любой белок из того организма, который указан в третьей колонке таблицы с заданиями (выберите после того, как отработает первая итерация).

Чтобы отличить белок из "своего" организма, воспользуйтесь мнемоникой идентификаторов Swiss-Prot:

Белки из ...	имеют ID, оканчивающиеся на ...
Escherichia coli	ECOLI или ECO57 или ECOL6
Bacillus subtilis	BACSU
Helicobacter pylori	HELPY или HELPJ
Heamophilus influenzae	HAEIN

Рекомендуется обе таблицы заполнять синхронно (чтобы не гонять программу дважды с одними и теми же данными). Если число находок выше порога велико и с трудом подсчитывается "глазами", можно открыть в редакторе FAR временный файл и скопировать туда список - в окне редактора сверху справа можно будет увидеть число строк.