Указания к занятию 2

1. Как добыть нужный документ UniProt?

   Пусть код доступа (AC) вашей записи P0X000 (разумеется, везде надо будет подставлять данный Вам AC).

   В адресную строку браузера введите следующий URL: http://www.expasy.ch/uniprot/P0X000.txt
   В основном окне появится текст записи. Сохраните его (посредством меню Page/File→Save As или просто скопируйте содержимое окна браузера в редактор).

    

2.   Описание полей и их меток см. здесь.

    

3. Как пользоваться поиском по UniProt на сайте Expasy?

   Зайдите на сайт Expasy:
   http://www.expasy.ch/
   (не удивляйтесь, что брaузер автоматически перебрасывает Вас на корейское или австалийское зеркало — так уж устроен этот сайт...). В верхней части страницы увидите Search...for... В окошке Search выберите Swiss-Prot/TrEMBL, а в окошко for введите запрос — одно или несколько слов из описания вашего белка, нажмите "Go".

   В верхней части страницы с результатами поиска (между двумя горизонтальными линиями) найдите информацию о числе находок.

   Рекомендуется (особенно если описание вашего белка длинное, включает несколько синонимов и/или выражения вида "EC 1.2.1.17") попробовать несколько запросов и отразить это в отчетной таблице.

   Для информации.

   - В поле DE записи SwissProt варианты описания (т.е. синонимы) заключены в круглые скобки. Если описываемый белок является ферментом, то одним из синонимов будет код фермента согласно международной классификации (EC).
   - В списке находок, выдаваемом сервисом Expasy, каждый идентификатор записи банка оформлен как гиперссылка. Эта гиперссылка ведет на html-страничку, содержащую информацию из записи, оформленную в специальном "дружественном к пользователю" виде. Имеет смысл изучить такую страничку и возможности, там предоставленные.