Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_06/term1/Pr_9/task9.doc Дата изменения: Sat Nov 4 21:34:48 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 18:09:35 2012 Кодировка: koi8-r

Практикум 9. « Контакты, поддерживающие третичную структуру»




Создайте файл с протоколом в рабочей директории. Напишите заголовок работы
«Исследование контактов разной природы в структуре белка .....(цепь А)»
Внесите в протокол названия упражнений и полученные Вами результаты.

Описание контактов альфа-спирали с остальной частью молекулы

На прошлом занятии Вы выбрали для исследования альфа-спираль. Представьте
спираль в
проволочной модели.
Определите атомы белка, удаленные от атомов спирали не более, чем на 5.0
е, но не входящие в
выделенную спираль. Представьте их в шариковой модели (spacefill 100) с
раскраской по атомам.
Можно ли считать, что контакты спирали с остальной частью молекулы
равномерно распределены в пространстве?
Визуально выберите сторону спирали, наиболее плотно контактирующую с
другими остатками
белка. Опишите не менее 4-5 конкретных контактов в табл., см.ниже.
Желательно выбрать контакты разной природы. См. подсказки.

Табл. Контакты альфа-спирали 52-72 с остальной частью цепи А белка..

|Имя атома |Имя |Расстояние в е |Предположительная природа |
|остатка |контактирующего| |контакта |
|спирали |атома | | |
|Leu66A.CD2 |Leu105A.CG |4.25 |Гидрофобное взаимодействие? |
| | | | |
| | | | |
| | | | |


*Есть ли на полученной картинке плотная группа из 3-х или более
гидрофобных контактирующих остатков? Если есть, то создайте картинку, на
которой эти и только эти остатки изображены полностью, подпишите остатки
и их номера, отметьте минимальное расстояние, сохраните картинку в
протоколе и в файле hp.gif. Все рассуждения (даже, если таких кластеров
не нашли) приведите в протоколе

Поиск S-S- мостиков

С помощью команды ssbonds получите изображение дисульфидных
мостиков в структуре инсулина (1zni), см. подсказки.
Если получилось, то попробуйте определить, есть ли в заданной Вам
структуре дисульфидные мостики. Ответ внесите в протокол, там же укажите
общее число остатков цистеина в Вашем белка (из отчета по первому блоку).
Сделайте вывод.

Поиск водородных связей между боковой группой серина и боковыми
группами других остатков

Получите изображение всех остатков серина цепи А в проволочной модели. С
помощью команды script откройте скрипт-файл PolarGroups.def, в нем
определено pol_set (множество атомов, способных быть донорами или
акцепторами протонов). Определите те атомы множества pol_set, которые
находятся на расстоянии не более 3.5 е от атомов OG серина. Представьте
их в шариковой модели с раскраской по атомам.
Выберите один остаток, боковая цепь которого, по Вашим наблюдениям,
образует водородную связь с боковой цепью серина, и создайте картинку, на
которой оба остатка будут представлены полностью в шарнирной модели с
раскраской по атомам, подписаны ?? и имена остатков, а пунктирной линией
указано расстояние между атомами, вовлеченными в связь. Картинку
сохраните в протоколе и виде файла hsc.gif

*Есть ли в Вашей структуре водородные связи между остатками серина и
атомами основной цепи белка? Если есть, то приведите картинку.

*Поиск ионных контактов в цепи А структуры ...

Определите общее количество положительно и отрицательно заряженных
остатков в цепи. Выделите пары разноименно заряженных остатков, у
которых заряженные группы находятся на расстоянии меньше, чем 3.5 е
Выберите одну из таких пар взаимодействующих остатков и создайте
картинку:
разноименно заряженные остатки в шарнирной модели,
подписаны заряженные атомы (имя атома, номер и имя остатка).
Сохраните картинку в протоколе и в виде отдельного файла ions.gif.

Вычислите, какая доля заряженных остатков образует ионные контакты.