Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_06/term1/Pr_6/Help6.doc Дата изменения: Mon Oct 16 17:09:03 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 18:09:27 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к практикуму 6


Чтобы распаковать содержимое файла с расширением gz (а также zip, rar и
другие), наведите в Far manager на имя файла курсор, нажмите , а
затем обычным образом скопируйте файл из открывшейся панели с содержимым
архива в свою директорию.

1. Рекомендуем вывести на свой рабочий стол (Desktop) иконку программы
RasMol. Для этого:

o Найдите в своём компьютере исполняемый файл raswin.exe: Start => Search
=> Files and Folders => в окне "file name" пишете слово "raswin" и
нажимаете Search. Через какое-то время в основном окне появляется ряд
находок, Вам нужна та, что помечена "Application".
o Создайте иконку: щёлкните по имени исполняемого файла правой кнопкой мыши
и в выпавшем меню выберите "Create Shortcut" (на вопрос, создать ли
иконку на рабочем столе, ответьте утвердительно).

2. Удобно расположить графическое и командное окна так, чтобы содержимое
(или хотя бы значительная часть содержимого) обоих было видно одновременно.


Чтобы набирать команду в командном окне, необходимо сделать его активным
(щёлкнув мышью по нему или по его «изображению» на панели задач ).
Набранная команда выполняется после нажатия клавиши .

3. Шаблон описания документа PDB:

__________________________<начало шаблона>____________________________

Компоненты структуры, описанной в документе PDB 0XXX

Заголовок структуры:

Название структуры:

В документе представлены следующие цепи макромолекул:

|Идентификатор |Число остатков |Название молекулы|Комментарии |
|цепи | | | |
| | | | |
| | | | |


В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:

|ID |Название |Формула |Число копий|Комментарии |
| | | | | |
| | | | | |

__________________________<конец шаблона>____________________________

Для заполнения шаблона используйте следующие поля документа PDB:

HEADER содержит заголовок структуры

TITLE содержит название структуры (если оно занимает несколько строк, то
строки, начиная со второй, помечены числами 2, 3, ...)

COMPND содержит информацию о цепях макромолекул (белков и нуклеиновых
кислот): после слова CHAIN следует перечисление идентификаторов цепей.

SEQRES содержит последовательности каждой из цепей (а также в явном виде
число остатков).

HET, HETNAM, FORMUL содержат информацию о низкомолекулярных веществах
(лигандах, ионах и молекулах воды), а также о нестандартных остатках цепей.
В поле HET последовательно перечислены: ID молекулы, идентификатор цепи, к
которой (условно) приписана молекула, (условный) номер в этой цепи, число
атомов в молекуле. В полях HETNAM и FORMUL для каждого типа имеющихся
молекул приведена "расшифровка" их ID в виде, соответственно, названия и
химической формулы.

Названия (всей структуры и отдельных молекул) приведите по-английски
(скопируйте из PDB-файла), кроме того, желательно привести также их русские
эквиваленты, если Вы можете их перевести.

4. Скрипт (синоним - сценарий) - это текстовый файл, который программа
понимает как набор последовательных команд.

Для создания скриптов надо использовать редактор FAR Manager. В текстовый
файл exercise4.spt строчка за строчкой внесите все те команды, которые вы
выполнили, чтобы получить нужное изображение. Пример простейшего скрипта:

|restrict none |
|select all |
|wireframe |
|pause |
|select protein |
|wireframe off |
|backbone |
|echo Enjoy the picture! |


Комментарии:

Команда restrict none удаляет всякое изображение из графического окна.

Команда select all делает выделенным множеством всю структуру - дальнейшие
команды визуализации будут применяться ко всей структуре.

Команда wireframe выводит в графическое окно изображение выделенного
множества (в данном случае - всей структуры) в проволочной модели.

Команда pause приводит к приостановке работы сценария: программа ждёт
нажатия клавиши .

Команда select protein делает выделенным множеством весь белок - дальнейшие
команды визуализации будут применяться к белку, но не к ДНК, воде или
лигандам.

Команда wireframe off удаляет из графического окна изображение выделенного
множества (в данном случае - белка) в проволочной модели.

Команда backbone выводит изображение выделенного множества в остовной
модели.

Наконец, команда echo выводит в командное окно текст, который следует за
ней (в данном случае это призыв «Enjoy the picture!»

Как включить и выключить изображение в шариковой, остовной и ленточной
моделях, см. в презентации.

Подсказка: первые две строки вашего скрипта рекомендуется сделать точно
такими же, как в приведённом примере.

5. Сначала выполняйте команды непосредственно из командного окна;
убедившись, что они дают нужный эффект, заносите их в скрипт.

Постоянно следите за тем, какое именно множество является выделенным в
данный момент!

6. Подписать название и номер остатка (например, аргинина номер 57 из цепи
B) можно последовательностью команд:

select Arg57:B.CA

label %n%r

(в данном случае подпись будет расположена возле изображения С?-атома).

Как создавать подписи иного вида, смотрите в RasMol Help (в меню
графического окна выберите Help =>User manual => Command Referenve
=>label).



7. Перед экспортом картинки в виде GIF-файла рекомендуется сделать фон
белым